يقول خبراء إن العلاقات بين واشنطن والقاهرة ستكون بغض النظر عن الفائز فى الانتخابات الرئاسية فى مصر، أكثر تعقيدا مما كانت عليه فى العهد الذى كانت الدبلوماسية الأمريكية تملك مع حسنى مبارك محاورا حقيقيا. ويتنافس محمد مرسى مرشح جماعة الإخوان المسلمين وأحمد شفيق رئيس الوزراء الأخير فى عهد الرئيس السابق حسنى مبارك، فى الدورة الثانية من الانتخابات الرئاسة فى 16 و17 يونيو. وواشنطن التى تتوخى الحذر وتؤكد أنها لا تريد التدخل فى الشئون الداخلية المصرية، حرصت حتى الآن على عدم دعم أى من المرشحين. وقال ناتان براون الخبير فى شئون الشرق الأوسط فى جامعة جورج واشنطن، أن واشنطن "ستكون على الأرجح مرتاحة أكثر مع شخص مثل شفيق وأضاف "لكن الولاياتالمتحدة تخشى من فوضى سياسية قد يتسبب بها على الأرجح فوز شفيق". وشفيق الذى يعتبره ناخبون كالشخصية التى أعادت النظام الذى كان قائما قبل الثورة، يراه بعض الذين شاركوا فى حركة الاحتجاج التى أطاحت الرئيس مبارك فى فبراير 2011، بأنه مرشح غير شرعى بحسب براون. ويؤكد الخبير أن شفيق فى حال فوزه "لن يكون متعاونا مع الولاياتالمتحدة بقدر ما كان عليه مبارك لأنه سيكون أضعف من الرئيس السابق على المستوى الداخلى"، وأضاف الخبير أنه بالنسبة إلى إدارة أوباما، يثير كل من مرسى وشفيق "مشاعر بالقلق لجهة عواقب الانتخابات على مصر والعلاقات الأمريكية- المصرية". وكان فى إمكان الولاياتالمتحدة أن تعتمد على مبارك فى مفاوضات السلام بين الإسرائيليين والفلسطينيين، وكان الرئيس المصرى السابق قبل التعاون مع إسرائيل رغم العلاقات المتوترة مع هذا البلد، كما أرسل مبارك قوات إلى العراق لدعم قوة التحالف خلال حرب الخليج فى 1991. وعمل بشكل وثيق مع واشنطن فى حملة مكافحة الإرهاب وعارض النفوذ الإيرانى فى المنطقة. وعلى عكس ذلك لطالما كان الإخوان المسلمون وواشنطن على خلاف حول إيران، والتعاون فى المجال الأمنى و"الوجود العسكرى الأمريكى فى المنطقة وخصوصا حول إسرائيل" حليفة واشنطن بحسب براون، وأضاف الخبير أنه فى حال فوز مرسى "لا شك فى أن تعاونا وثيقا بين إسرائيل ومصر حول الأمن سيكون مستبعدا". من جهتها قالت مارينا اوتاواى المحللة فى مركز "كارنيغى انداومنت فور انترناشونال بيس" للأبحاث إن "السلام البارد بين مصر وإسرائيل (فى عهد مبارك) سيصبح أكثر برودة فى حال فوز الإخوان المسلمين". وأضافت أنه إذا تبين أن واشنطن تدعم أحمد شفيق هذا قد يعنى أن الولاياتالمتحدة "ما زالت تدعم النظام السابق وقد يقوض ذلك صورة الأمريكيين ليس فقط فى مصر بل فى كل العالم العربى"، وخلصت إلى القول "أعتقد أن علاقة (مصر) مع الولاياتالمتحدة ستصبح أكثر صعوبة بغض النظر عن الفائز" فى الانتخابات المصرية. من جانبه أعلن ستيفن كوك من مجلس العلاقات الخارجية، وهو مركز أبحاث "لا أعتقد أن واشنطن ميالة فى الحقيقة لأى من المرشحين".
