تختص الهيئة الوطنية للانتخابات دون غيرها بإدارة الاستفتاءات، والانتخابات الرئاسية، والنيابية، والمحلية وتنظيم جميع العمليات المرتبطة بها، والإشراف عليها باستقلالية وحيادية تامة ولا يجوز التدخل في أعمالها أو اختصاصاتها، وتعمل الهيئة في هذا الإطار على ضمان حق الاقتراع لكل ناخب، والمساواة بين جميع الناخبين والمترشحين خلال الاستفتاءات والانتخابات وتختص بالاتي: إصدار جميع القرارات المنظمة لعملها، وتنفيذ عملية الاستفتاءات و الانتخابات وفقًا لأحكام القوانين والأسس والقواعد المتعارف عليها دوليا، وإعداد قاعدة بيانات الناخبين من واقع بيانات الرقم القومي، وتحديثها وتعديلها وتنقيتها ومراجعتها بصفة دورية مستمرة، ودعوة الناخبين للاستفتاءات والانتخابات، وتحديد مواعيدها ، ووضع الجدول الزمني لكل منها، وفتح باب الترشح، وتحديد المواعيد الخاصة به، والإجراءات والمستندات والأوراق المطلوب تقديمها عند الترشيح.
اختصاصات الهيئة الوطنية للانتخابات ودورها في إدارة العملية الانتخابية:
تلقي طلبات الترشح، وفحصها، والتحقق من استيفائها للشروط المطلوبة، والبت فيها، وإعلان أسماء المترشحين. وضع قواعد سير عملية الاستفتاءات والانتخابات وإجراءاتها وآلياتها، بما يضمن سلامتها وحيدتها ونزاهتها وشفافيتها. ندب الأعضاء لإدارة عملية الاقتراع والفرز في الاستفتاءات والانتخابات. تحديد مراكز الاقتراع والفرز ومقارها، والقائمين عليها، وتوزيع الأعضاء.
إصدار القرارات اللازمة لحفظ النظام والأمن أثناء الاستفتاءات والانتخابات، داخل اللجان وخارجها. وضع القواعد المنظمة لإجراءات عملية تصويت المصريين المقيمين بالخارج في الاستفتاءات والانتخابات بما يتفق والأوضاع الخاصة بهم، وتحديد مقار هذه اللجان وعددها، والقائمين عليها، وذلك كله مع توفير الضمانات التي تكفل نزاهة عملية الاستفتاءات أو الانتخابات وحيادها. تحديد ضوابط الدعاية الانتخابية، والتمويل والإنفاق الانتخابي والإعلان عنه، والرقابة عليها. تحديد تاريخ بدء الحملة الانتخابية ونهايتها.
وضع القواعد المنظمة لمتابعة الاستفتاءات والانتخابات من جانب وسائل الإعلام ومنظمات المجتمع المدني المصرية والأجنبية، وغيرها، ووكلاء المترشحين، ومراقبة مدى الالتزام بتلك القواعد.
وضع القواعد المنظمة لاستطلاعات الرأي المتعلقة بالاستفتاءات والانتخابات، وكيفية إجرائها، ومواعيدها، والإعلان عنها. توعية وتثقيف الناخبين والأحزاب والائتلافات السياسية بأهمية المشاركة في الاستفتاءات والانتخابات، وحقوقهم وواجباتهم، ويجوز لها أن تستعين في ذلك بالمجالس القومية، ومنظمات المجتمع المدني، والنقابات المهنية والعمالية، ووسائل وأجهزة الإعلام، وغيرها. إعداد القائمة النهائية للمترشحين وإعلانها، وإعلان ميعاد التنازل عن الترشح وإجراءاته.وضع الإجراءات التيسيرية اللازمة لتمكين الأشخاص ذوي الإعاقة من الإدلاء بأصواتهم في الاستفتاءات والانتخابات. وضع مدونة للسلوك الانتخابي تكون ملزمة لكل من المترشحين والأحزاب السياسية ومؤيديهم وتحدد الجزاءات المترتبة على مخالفتها.
إعلان نتيجة الاستفتاءات والانتخابات.
إبداء الرأي في مشروعات القوانين ذات الصلة بالاستفتاءات والانتخابات الرئاسية، والنيابية، والمحلية. وضع وتطبيق نظام لتحديد الرموز الدالة على المترشحين في الانتخاب، على أن يتسم هذا النظام بالحيادية وأن يكفل المساواة وتكافؤ الفرص.
وضع وتطبيق قواعد وتعليمات تلقى التظلمات والبلاغات والشكاوى الخاصة بعملية الاستفتاءات والانتخابات، والبت فيها.
وضع قواعد حفظ أوراق الاستفتاءات والانتخابات والإجراءات اللازمة لذلك، ومدة حفظها، والتصرف فيها.
اقتراح تقسيم الدوائر الانتخابية أو تعديلها بالتنسيق مع الجهات المعنية، بما يراعى التمثيل العادل للسكان والمحافظات، والتمثيل المتكافئ للناخبين في الأحوال المقرر فيها ذلك.
تحديد الجهة المختصة بتوقيع الكشف الطبي على المترشحين.
وضع وتطبيق قواعد وإجراءات إخطار المتقدمين للترشح بالقرارات الصادرة عن الهيئة، بما يضمن علمهم بها. وعلي وجه الخصوص في شأن الانتخابات الرئاسية تختص الهيئة بما يلي: تتولى الهيئة الوطنية للانتخابات فحص طلبات الترشح، والتحقق من توافر الشروط التي حددها الدستور والقانون، والفصل في الاعتراضات التي تقدم، وذلك خلال الخمسة أيام التالية لانتهاء المدة المحددة لتقديم الاعتراضات.
كما تخطر الهيئة الوطنية للانتخابات من ارتأت عدم قبول طلب ترشحه بهذا القرار وباسبابه، وذلك في مدة لا تتجاوز 24 ساعة للإجراءات التي تحددها.
ولكل من استُبعد من الترشح أن يتظلم من هذا القرار خلال اليومين التاليين لتاريخ إخطاره، وتبت اللجنة في هذا التظلم خلال اليومين التاليين لانتهاء المدة السابقة، أمامها بعد سماع أقوال المتظلم أو إخطاره للمثول أمامها وتخلفه عن الحضور.
ثم تتولى الهيئة الوطنية للانتخابات إعداد قائمة نهائية بأسماء المرشحين وفق أسبقية تقديم طلبات الترشح، وتقوم بإعلان هذه القائمة بطريق النشر في الجريدة الرسمية، وفي صحيفتين يوميتين واسعتي الانتشار، وذلك قبل عشرين يو ًما على الأقل من اليوم المحدد لإجراء الانتخابات.