طالب القمص بيشوى المحرقى، راعى كنيسة العذراء مريم بالخارجة بمحافظة الوادى الجديد، بإلغاء وزارة الأوقاف التى لا يستفيد منها سوى شريحة، على الرغم من أن الأقباط يدفعون ضرائبها دون أى منفعة منها، مؤكدًا على أن استمرار هذه الوزارة يتنافى مع مبادئ المواطنة. جاء ذلك فى كلمة ألقاها القمص بيشوى احتفالاً بعيد الميلاد المجيد، بحضور اللواء طارق المهدى محافظ الوادى الجديد، حيث تناول القمص فى كلمته مبادئ المواطنة الحقيقية، وطرق تفعيلها. واقترح راعى كنيسة العذراء مريم ضم وزارة الأوقاف للأزهر الشريف، مؤكدًا أن الأزهر لن يكتسب قدسيته إلا بانفصاله عن الدولة والحكومة، ويكون شيخ الأزهر معينًا من المجمع الإسلامى شأن الكاتدرائية المصرية، والتى يقوم فيها المجمع المقدس باختيار قداسة البابا، ورد عليه اللواء طارق المهدى بتأييده لتلك الرؤية، مؤكدًا أنها كانت رؤية أحد الإسلاميين قبل أن يطرحها أحد من الأقباط، وهو مقتنع بها ويؤيدها. واعتبر راعى كنيسة العذراء مريم بالخارجة أن موقف الدولة فى النظام السابق وصمة عار، عندما ألزمت الدولة بناء الكنائس بقرار جمهورى وتعقيدات شديدة دون سبب، وكذلك الممارسات القمعية التى كانت تتم ضد الأقباط عندما كانوا يحاولون بناء كنيسة للصلاة، وقيام عناصر الحكومة الفاسده بإشاعة روح الفرقة والعداوة بين المسلمين والأقباط فى هذه الجزئية بالتحديد، وقال إنه عندما كان يسأل الأجهزة الأمنية: لماذا تلك الممارسات ؟ كانوا يردون بأنها نوع من التوازنات فى الدولة.
