أثارت قوائم مرشحى الانتخابات البرلمانية التى تدعمها الكنيسة المصرية، العديد من ردود الأفعال الغاضبة بين المحللين السياسيين الذى اعتبروا تلك القوائم تكريساً للتصويت الطائفى، واستمراراً لمنهج الكنيسة فى عصر مبارك والذى كان يحشد الأقباط للتصويت لمرشحين بعينهم الأمر الذى أدى لعزلهم سياسياً. قال الدكتور نبيل عبد الفتاح رئيس مركز تاريخ الأهرام ، ومقرر الحالة الدينية لمصر سابقاً، إن التيارات الإسلامية دأبت على إعطاء الانتخابات طابعاً طائفياً ومن ثم فإن الكنيسة أعدت قوائمها الانتخابية فى محاولة منها لوقف سيطرة الإسلاميين على البرلمان المقبل معتبراً ذلك أمراً طبيعياً فى ظل حالة الخوف التى تعترى الجميع على مستقبل مصر، خاصة أن نواب البرلمان هم الذين سيضعون الدستور الجديد. وأوضح "عبد الفتاح"، أن المصريين جميعا تعلموا من درس الماضى القريب وهو الاستفتاء الذى تحول لتصويت طائفى بامتياز بعد أن حولته التيارات الإسلامية لاستفتاء على الإسلام وليس على المواد المعدلة من الدستور، ولكنه أكد فى الوقت نفسه، أن البسطاء سيتعرضون لنفس عمليات الحشد والتعبئة السابقة مما سيؤثر فى العملية الانتخابية إضافة إلى أبعاد العائلة والقبيلة والعنف والرشوة الانتخابية. أما الدكتور ضياء رشوان الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية فرأى أن استخدام الدين فى الدعاية الانتخابية موجود من خلال التيارات الإسلامية قبل الكشف عن قوائم الكنيسة رغم أن القانون يحظر هذا مؤكداً أن دخول الكنيسة على الخط زاد الأمر تعقيداً وأعطى فرصة كبيرة للانقسام الدينى، مشيراً إلى أن الكنيسة لجأت لذلك نظراً لقوة التيار الدينى الإسلامى. وأكد رشوان، أن التيارات الإسلامية سوف تستغل قوائم الكنيسة لصالحها مما سيزيد من التصويت للتيارات الإسلامية خاصة بين أوساط البسطاء، لافتاً إلى أن الأمر قد يتحول لتصويت طائفى مثل الاستفتاء على التعديلات الدستورية عندما شعر البسطاء، أن هناك اتجاه قبطى للتصويت ب"لا"، فتم حشد المسلمين البسطاء للتصويت بنعم. فيما اعتبر المحلل السياسى هانى رسلان الخبير بمركز الأهرام، أن تصرف الكنيسة يكرس ما دأبت على القيام به فى عهد مبارك من حيث التحدث باسم الأقباط وعزلهم عن المجتمع وتولى شئونهم الدينية والاجتماعية والسياسية واعتبارها المعبر عنهم، مشيراً إلى أن موقفها لا يختلف عن مواقف الجماعات الإسلامية التى تحتكر الحديث باسم الإسلام وتأخذ اتجاهاً معادياً للأقباط بالمخالفة للسياق العام المصرى. وأضاف قائلا: "كان من المتوقع أن تتخلى الكنيسة عن هذه السلوكيات فى تلك المرحلة التى يدعو فيها الجميع للديمقراطية والحريات بعد الثورة، إلا أن تصرف الكنيسة يمثل خطر على الوحدة الوطنية للبلاد رغم تعاطفنا مع ضرورة أخذ الأقباط لكافة حقوقهم إلا أننا ندين هذا التصرف. واعتبر رسلان، تصرف الكنيسة خذلان للقوى المدنية والسياسية التى تسعى لحصول الأقباط على كافة الحقوق وهو ما يفسر رفض بعض الأقباط الذين لهم سمات وطنية هذا التصرف مثل جورج إسحق.
