قال الخبير الأمنى والاستراتيجى اللواء سامح سيف اليزل، إنه منذ وقوع حادث تفجير كنيسة القديسين أشارت أصابع الاتهام إلى تنظيم القاعدة، الذى له باع طويل فى هذه الأعمال الإجرامية التى استهدفت مؤخرا المصريين جميعهم، مسلمين ومسيحيين، مضيفا: "تنظيم القاعدة له عدة أذرع فى العالم العربى ومنها جيش الإسلام الفلسطينى، وهو تنظيم إرهابى يرأسه أحد الفلسطينيين ويدعى ممتاز دغمش، وهو أحد قيادات تنظيم القاعدة، تلقى تدريبه فى باكستان وتتلمذ على يد أحد أبرز قادة تنظيم القاعدة، أيمن الظواهرى". وتابع سيف اليزل، فى تصريحات خاصة ل"اليوم السابع": "سبق لتنظيم جيش الإسلام أن تعاون مع أحد التنظيمات الإرهابية المصرية وهو التوحيد والجهاد، الذى قام بعمل تفجيرات إرهابية فى سيناء ودهب فى 2006 و2007". وأوضح أن تكرار مثل هذه الحوادث شىء يمكن تفهمه، ومنع الحوادث شىء صعب وما يتم العمل عليه حاليا هو التقليل من القيام بمثل هذه الحوادث عن طريق اتخاذ الأمن إجراءات مشددة. وتعليقا منه على عدم مقاومة جيش الإسلام الفلسطينى للاحتلال الإسرائيلى وتركيز نشاطه خارج فلسطين، أشار اليزل إلى أن تنظيم القاعدة لم يقم بعملية واحدة ضد هدف إسرائيلى سواء داخل إسرائيل أو خارجها، وهو ما يمثل علامة استفهام، على حد قول اليزل. وعن مدى تأثير هذا الاتهام على العلاقات بين مصر وحركة المقاومة الإسلامية "حماس"، قال اليزل: "العلاقات بين مصر وحماس غير مستقرة، وكان دائما يشوبها بعض التوترات، وهذه العملية لن تضر العلاقات أكثر مما هى عليه الآن". ومنذ سيطرة حماس على القطاع، لم ينفّذ جيش الإسلام أى عملية، ولا وجود له فى غزة، باستثاء بعض العناصر المنتشرة التى تحاول بث الروح فيه، تحت حوافز ومشاعر عاطفية لا تدعمها تحركات فعلية جادة. وبرغم أن جيش الإسلام يتحدث عن سعيه لإقامة الخلافة وعدم قناعته بالدولة القطرية والحدود الجغرافية، فإنه يطرح مطلب إقامة الدولة الإسلامية وتطبيق الشريعة الإسلامية فى غزة، والاحتمال الراجح أن جيش الإسلام يطرح هذا المطلب لامتلاك أدوات يمكن من خلالها فرض التعاليم الإسلامية وفق ما يرى. إلا أن من مفردات السجال بين جيش الإسلام وحماس ما يتعلق بمسألة التمدد الشيعى والعلاقة التى تربط حماس وبعض القوى فى الساحة الفلسطينية بإيران، فقد حذر التنظيم فى النصف الأول من العام الماضى، مما سماه ب"المخطط الصفوى الشيعى الذى يلوح فى الأفق، ويرسخ أقدامه على الأرض، ويسعى لتخريب البلاد"، وقال الحزب فى بيانه الذى صدر فى أوائل شهر يونيو 2008: "إنه سيكون رأس الحربة فى مواجهة المشروع الصفوى الحاقد وأذنابه". ومن جانبه نفى جيش الإسلام أن يكون له صلة له بتفجيرات "القديسين"، برغم توفر الأدلة القانونية، والبراهين الميدانية، التى تؤكد مسئوليته.
