بعد 24 ساعة فقط من بيان تنظيم القاعدة وتهديده للكنائس المصرية، أكدت جماعة الإخوان إدانتها لجريمة الاعتداء على كنيسة "سيدة النجاة" فى بغداد، التى سقط فيها أكثر من 60 ضحية غير الجرحى، ووصفوا الجريمة بالبشعة، مشددين على أن هذه الجريمة لا تقرها شريعة الإسلام، ولا الخلق الإنسانى ولا القيم التى تعارفت عليها البشرية . كما أكدت الجماعة، فى بيان لها، رفض أى تهديدات وصفتها بالحمقاء لدور العبادة المسيحية فى مصر من أى جهة كانت ولأى ذريعة تكون، موضحين أن الدولة المصرية والشعب المصرى كله مطالب بحماية كل دور العبادة للمؤمنين من كل الأديان السماوية، مشيرين إلى أن ضعف الدولة المصرية وعدم تطبيق القانون على الجميع وعدم احترام أحكام القضاء وتنفيذها على الكافة، هو السبب الرئيسى لاندلاع الفتن، واستشرائها فى مجتمع لم يعرف مثل هذه الفتن الغريبة، إلا فى العقود الأخيرة لغياب دولة القانون وانعدام الحريات وبسبب الاستبداد الذى يعانى منه المجتمع كله . وأرجعت الجماعة، فى بيان لها، حمل توقيع " الإخوان المسلمين"، أن سبب الجرائم التى يتساقط فيها الآلاف من العراقيين مسلمون (سنة وشيعة) ومسيحيون هو الاحتلال الأمريكى، الذى ما زال جاثمًا على أرض العراق، والتى كشفت الوثائق الأخيرة ما كان خافيًا على العامة من جرائمه وضحاياه التى تقدر بالملايين . وأوضح بيان الجماعة أن الاحتلال سبب فى الفتنة المستمرة فى العراق، وأنه لم يحقق لأهل العراق ولا للمنطقة أمنًا ولا أمانًا، ولم يرس حرية ولا ديمقراطية بل رسّخ للفتن الدينية والطائفية والمذهبية، وأضاف البيان أن حماية دور العبادة لكل أبناء الرسالات السماوية هى مهمة الأغلبية المسلمة، وأن الاعتداء على دور العبادة جريمة لا يقرها الإسلام ويعاقب بأشد العقوبات أى مرتكب لها.
