تعرض الدكتور حسام عيسى وزير التعليم العالى إلى حملة شرسة بعد ما نسبته بعض المواقع الإخبارية إليه من أنه منح حق الضبطية القضائية للأمن بالجامعات، وهو الأمر الذى اعتبرته كتلة كبيرة انتقاصا غير مقبول لحق التعبير السلمى عن الرأى. واستنكرت قوى ثورية أن يصدر هذا القرار عن رجل ينتمى إلى الثورة، وكان قبل 30 يونيو، أحد أشرس معارضى الإخوان، ، ومسؤولا عن ملف استرداد أموال مصر بالخارج. ورغم أن الوزير نفى بشدة صحة هذه المعلومات، وأكد أن هدفها تشويه سمعته، متهمًا جماعة الإخوان بالسعى إلى تصفية الحسابات معه «بشكل رخيص»، إلا أن الهجمات على الرجل لم تتوقف، إلى حد أن طلاب الإخوان أطلقوا عليه اسم «وزير الانقلاب». وشاعت التسمية على نطاق واسع بعد الدعوى القضائية التى أقيمت ضد طلاب لمنعهم من دخول الجامعة وفصلهم بعد الاعتداءات اللفظية على الشيخ على جمعة مفتى الجمهورية السابق. وصرح حسام عيسى وقتها بأن ممارسة السياسة داخل الجامعة حق مقدس، طالما التزم بالوسائل السلمية، وسعى إلى الإفراج عن الطلاب المعتقلين قيد التحقيقات، لكن بعض المواقع الإخوانية نسبت للوزير تصريحات أخرى يقول فيها «سأقطع ذراع الإخوان فى الجامعات» دون أن تنتبه إلى أن الرجل قال فى وقت سابق: «طلاب الإخوان أولادى ومساعدتهم واجب على وأنا أوجه لهم المساعدة منذ عهد مبارك». ويبدو أن مواقف عيسى التى شددت على رفض الخروج الآمن للرئيس المعزول، وقيادات الإخوان، وتلويحه بالاستقالة فى حال حدوث ذلك، قد أشعلت نيران الحقد على الرجل داخل جماعة الإخوان. ولجأ وزير التعليم العالى إلى إلغاء المركزية حين قرر أن مهمة اتخاذ القرار بشأن وقف أعمال الشغب بالجامعات مهمة متروكة لرؤساء كل جامعة على حدة، لكن هذا الأمر لم يشفع له أو يوقف سهام النقد المصوبة إليه، حيث اعتبر معارضوه أنه يسعى للتحلل من المسؤولية الأخلاقية فى حال وقعت أعمال عنف لدى فض مظاهرة هنا أو هناك. وفسر عيسى كثافة مظاهرات الإخوان بالجامعات، بأن الإخوان يعولون على الجامعات لإحداث أكبر قدر من الفوضى، مشيراً إلى أن وزير التعليم ليس من سلطته إدارة الأمن داخل الجامعة فهذه سلطات رئيس الجامعة. ورغم استمرار الاشتباكات داخل الجامعات بين طلاب جماعة الإخوان وأقرانهم من التيارات المعارضة لهم، إلا أن عيسى أكد أنه كان يبحث الأمر مع رؤساء الجامعات للحد من الاشتباكات حرصا على انتظام العملية التعليمية. ومنذ تولى عيسى المنصب الوزارى احتلت وزارة التعليم العالى المرتبة الأولى فى الاحتجاجات الطلابية تلتها وزارة التربية والتعليم. ورغم شيوع الاحتجاجات سنويا بسبب التنسيق إلا أن الأيام الأخيرة شهدت انتفاضة من طلاب الدبلومات الفنية بسبب تأجيل نتيجة التنسيق، وتلتها وقفة للطلاب السودانيين بجانب وقفات استمرت لأيام لطلاب ناجحين من الثانوية العامة بسبب نتيجة التحويل التى جاءت محبطة، حسب قولهم. وافترش طلاب غاضبون من سياسات الوزير الأرض، أمام سيارته فى محاولة لمنعه من المرور فيما كان متوجها لحل أزمة الدبلومات الفنية. واعتبرت أزمة باحثى جامعة النيل، من أهم الملفات التى لم يحسمها عيسى حتى الآن، رغم صدور حكم قضائى، وقال بيان اتحاد باحثى جامعة النيل: «بعد أن استنفدنا جميع المحاولات لإنقاذ مراكز أبحاث جامعة النيل التى تعد أنجح مؤسسة بحثية علمية فى مصر بشهادة العالم، بات من الواضح جلياً أن هناك أطرافاً تمتلك من النفوذ ما يجعلها أقوى من الحكومات المتعاقبة بل أقوى من القانون وتستغل ذلك النفوذ فى تعطيل تنفيذ أحكام القضاء ومحاولة إغراق وتشويه كيان ناجح وباحثين وعلماء كان ولا يزال همهم الأكبر هو الإسهام فى نهضة علمية حقيقية فى بلد عانى كثيراً من إهمال وتهميش دور العلم والبحث العلمى». ومؤخرًا، طالب عفت السادات، رئيس حزب السادات الديمقراطى بإقالة وزير التعليم العالى، قائلا: ليس من سلطته إدارة الملف الأمنى داخل الجامعات المصرية، وانتقد موقف الوزير من الضبطية القضائية، وقال إن هذا الموقف يمثل خطورة على حياة الآلاف الطلبة فى الجامعات المصرية.
