انتقد الدكتور عبد المنعم فؤاد، عميد كلية العلوم الإسلامية للوافدين بجامعة الأزهر، الهجمة الشرسة التي يتعرض لها الأزهر بعد الحكم على إسلام بحيرى بالسجن بتهمة ازدراء الأديان، قائلا: "قضية إسلام بحيري قضائية ولا دخل للأزهر والعلماء فيها، والأزهر ليس جهة أحكام". وأوضح في مداخلة هاتفية ببرنامج "كلام جرايد"، تقديم الإعلامي مجدى طنطاوى، المذاع على فضائية العاصمة، أن الأزهر لا يفرح في حبس أحد منتقديه وهذه ليست رسالته ولكن رسالته الحوار، مؤكدا أن الأزهر لا يدخل أحد السجون لكن يعمل على إنارة العقول. وأضاف "فؤاد" أن الأزهر ليس "مكفراتي" وهو يرضخ لمن يضغطون عليه ليل ونهار أن يكفروا تنظيم داعش رغم كل جرائمه، متحديا أن يثبت أحد تكفير الأزهر لإسلام البحيري، قائلا: "منهج الزهر يعتمد على شرع الله ولا يكفر المسلم إلا إذا خرج مما دخل فيه".