أثار قرار وزارة الخارجية السودانية بإغلاق المركز الثقافي الإيراني مبررة ذلك بأنه يهدد "الأمن الفكري" وقيام الوزارة بإمهال المستشار الثقافي الإيراني والعاملين في المراكز 72 ساعة لمغادرة البلاد، جدلًا واسعًا على المستوى الدولي والإقليمي. وفيما يخص هذا الجدل، قال مساعد وزير الخارجية الإيراني للشئون العربية والأفريقية، حسين أمير عبداللهيان، ل"السي إن إن"، إن بعض التيارات "تحاول تخريب العلاقات الطيبة بين طهرانوالخرطوم"، مضيفًا أن المراكز الثقافية والاقتصادية الإيرانية والسودانية في كلا البلدين "ستواصل نشاطاتها العادية". وفي سياق متصل، تتابعت المواقف المؤيدة في الخرطوم للقرار الحكومي، وتجلى ذلك في تأكيد مجمع الفقه الإسلامي دعمه لإغلاق المركز الثقافي الإيراني ووصف الخطوة ب"المباركة"، داعيًا إلى تتابع الجهود "للحد من تمدد الخطر الشيعي بالبلاد، واتخاذ التدابير التي تكفل ذلك"، متهمًا المركز الإيراني بالعمل على "إدخال الخلل على ثوابت الأمة بسبب الصحابة الكرام وأمهات المؤمنين الأطهار" وذكّر بمطالبه السابقة، وبينها التأكيد على سنيّة السودان وإغلاق الحسينيات الشيعية. من جانبه، قلل "حامد صديق"، مسئول التنظيم بحزب المؤتمر الوطني الحاكم، من تأثير إغلاق المراكز الثقافية الإيرانية في الخرطوم والولايات على علاقة السودان بإيران، وقال إن القضية "لا ترقى لمستوى التأثير على علاقات البلدين الثنائية" ونفى وجود ضغوط اقتصادية مورست على السودان من دول الخليج والسعودية. وأشار إلى أن المعادلة الحسابية للشيعة في البلاد، تشير إلى أن عددهم 12 ألفًا، أي ما يعادل 3 بين كل 10 آلاف سوداني، متهمًا الشيعة باستقطاب أصحاب "المصالح الدنيوية.