بعد تأكدهم من حصولهم على نسبة كبيرة من المقاعد فى المرحلة الأولى، الذى يراهنون أنه سيتكرر فى المرحلتين الثانية والثالثة، يضع الإخوان أعينهم على تشكيل حكومة مصر القادمة، ورغم تعدد وجهات نظر القيادات الإخوانية حول شكل الحكومة فإنهم اتفقوا على أحقيتهم فى تشكيلها. أمين حزب الحرية والعدالة بالجيزة الدكتور حلمى الجزار يرى أن النتائج كانت مفاجئة فى بعض المناطق الحضرية، كما أن مؤشرات حزب الوفد كانت مفاجأة كبيرة خصوصا أنه كان يتوقع حصوله على نسبة أكبر من ذلك، موضحا أن المؤشرات الأولية ترفع نسبة حصول التيار الإسلامى فى البرلمان على 70% من المقاعد، مشيرا إلى أن المرحلة الثانية والثالثة قد تحمل نتائج مغايرة بعض الشىء. وعن تمسك حزب الحرية والعدالة بتشكيل البرلمان القادم للحكومة يقول الجزار إن «من حق البرلمان سحب الثقة من الحكومة إذا لم تلبِّ مطالب الشعب، وإن أمر تشكيل الحكومة سيكون محل تفاوض بين التيار الإسلامى والمجلس العسكرى عقب الانتخابات البرلمانية، موضحا أن الحزب والجماعة يعدان قوائم بالكوادر لديهم للترشح لمناصب وزارية مثلهم مثل باقى الأحزاب، فالأمر ليس حكرا على أحد، وأى حكومة قادمة ستكون ائتلافية ومن الممكن أن يكون رئيس الحكومة لا ينتمى إلى حزب الأغلبية، فالتيار الإسلامى يبحث عن الكفاءات ولن نكون منغلقين على كوادر الحزب». الجزار نفى اختيار المهندس خيرت الشاطر نائب مرشد الإخوان من قبل الجماعة ليكون رئيس الحكومة، موضحا أن الشاطر مشغول بكثير من المهمات والملفات الخاصة بالجماعة ولا يتصور أن يتركها. المتحدث الرسمى لجماعة الإخوان المسلمين الدكتور محمود غزلان يقول إن الإخوان يفضلون حكومة منتخبة، لأنها أفضل بكثير من الحكومة المعينة من قِبل المجلس العسكرى، موضحا أن بقاء حكومة الجنزورى مرهون بالانتظار حتى يشكّل البرلمان القادم، مضيفا أنه عندما يثبت أن حكومة ما ملطخة أيديها بدماء شهداء التحرير فعليها أن ترحل فورا، والخيار فى النهاية للشعب لأنه صاحب السيادة. الأمين العام لحزب الحرية والعدالة الدكتور محمد البلتاجى أكد أنه فى حال حصول الإخوان على الأغلبية فى الانتخابات البرلمانية الحالية، فإن الحزب يرى ضرورة أن يحدث توافق بين البرلمان والحكومة، مشيرا إلى أن صلاحيات البرلمان تمكّنه من رفض برنامج الحكومة أو حتى سحب الثقة من الحكومة إذا أراد ذلك فى حال وجود تعارض بين المسارات الثلاثة: البرلمان والحكومة والعسكرى. البلتاجى أضاف أنه فى حال تعنت أى من الأطراف الثلاثة، سيكون ذلك ضد مصلحة المصريين، مثلا كأن لا يوافقا لبرلمان على تشريعات الحكومة أو لا توافق الحكومة نفسها على ما يقره البرلمان أو لا يوافق المجلس العسكرى على تشريعات البرلمان القادم، معتبرا أن التوافق بين البرلمان والحكومة لا يتم عبر نص دستورى ولكنه فريضة سياسية تفرضها المرحلة الانتقالية إلى حين صياغة الدستور. البلتاجى أوضح أن تشكيل الحكومة لا بد أن يكون محل توافق من الأغلبية البرلمانية، لأن البرلمان يستكمل مسيرة الثورة ويحول مطالبها إلى إجراءات.