ما وصل إليه حال الكنيسة الأرثوذكسية المصرية لم يحدث اعتباطا أو نتاج صدفة، بل هو صفقة مع الحكومة حيث رضيت الدولة بأن تشاركها الكنيسة السلطة وحسب رأي المستشار طارق البشري نائب رئيس مجلس الدولة الأسبق فإن "الكنيسة قالت للدولة اعطني قطعة من استبدادك فأعطتها الدولة قطعة من استبدادها"، وهذا ما حدث بالفعل فقد تجبرت الكنيسة مستغلة ضعف الدولة وغياب دور مؤسسات أمنية ورقابية لا تعمل إلا في خدمة وحماية هذا النظام. من هنا نشأت دولة موازية لها قوانين - وإن كانت غير معلنة تحكمها - فإذا كان نظام مبارك تورط في جريمة غير الاختفاء القسري لمئات المعارضين السياسيين داخل السجون فإن الكنيسة وبالتالي لعبت نفس الدور وتسلمت أقباطا أسلمن من مباحث أمن الدولة برعاية الدولة ليتم اخفائهن داخل الأديرة والكنائس ومنعت القيادات الكنسية ذويهن من الاتصال بهن أو معرفة أماكن احتجازهن. الكنيسة تحولت بذلك من أماكن عبادة إلي سجون في ظل وجود البابا شنودة الثالث والذي لم يعد سرا أنه البابا الوحيد في تاريخ الكنيسة الأرثوذكسية الذي أقحم الدين في السياسة وصار من حق الكنيسة - حسب جبهة علماء الأزهر -"أن تسلم لها الدولة من تطلبه من أقباط مشكوك في ولائهم لإدارة الكنيسة" المتمثلة في هيمنة البطريرك وحده الذي يتحلق حوله من يتعاملون بمشيئتهم من خلال إداراته التي لا ترد. تزايد ظاهرة الاختفاء القسري داخل الكنائس دعا عددا من المحامين والناشطين السياسيين إلي المطالبة في بلاغ للنائب العام بإخضاع كافة الأديرة للتفتيش من قبل الدولة لمعرفة ما أسموه بمصير المحتجزين وفي نفس الوقت اتهم نفس البلاغ الكنيسة باحتجاز مئات من الأقباط أعلنوا إسلامهم داخل هذه الأديرة، كما أن واقعة تسليم وفاء قسطنطين زوجة قس البحيرة للكنيسة عن طريق أجهزة الأمن المصرية بعد أن ضغط البابا شنودة علي النظام واعتكف في "دير وادي النطرون" كشفت العديد من وقائع مشابهة ومنها واقعة اختفاء ماري عبد الله زكي زوجة كاهن كنيسة الزاوية الحمراء والتي اختفت بعد أن طلبت اشهار اسلامها أمام شيخ الأزهر. مخططات الكنيسة باختطاف الاقباط الذين أسلموا قد تنكشف مبكرا وهو ما يدعو الكنيسة وفي حالات نادرة إلي الرضوخ وترك المختطف بعد اندلاع أعمال عنف وهذا ما حدث في قرية النزلة بالفيوم بسبب اختفاء إحدي القبطيات والتي كانت تدعي دميانة مكرم حنا وغيرت اسمها إلي داليا مكرم بعد أن اعتنقت الاسلام وتزوجت وأنجبت طفلا واقامت معه بالقاهرة، إلا أنه تم اختطافها من منزل زوجها، مما أدي لاندلاع أحداث عنف في القرية الهادئة بين الجانبين المسلم والمسيحي في شهر يونيو الماضي وفي هذه الاثناء خرج القمص "ميخائيل بسطاروس" وكيل مطرانية الفيوم ليقول "الهدوء عاد للقرية بعد تدخل الأمني والسيدة التي وقعت بسببها الأحداث عادت لزوجها، كما اختفت فتاة تدعي أميرة بعد أن أعلنت اسلامها وكذلك زينب التي اسلمت وكانت تدعي ماريا والحالة الأخيرة استطاعت أن تهرب من الكنيسة وأقاربها مرتدية النقاب. تجبر الكنيسة ورفضها الرضوخ لإدارة الدولة أكده ممدوح رمزي محامي الكنيسة والذي قال في معرض رده علي بلاغ النائب العام الذي طالب بخضوع دير وادي النطرون للتفتيش الصحي والقضائي والأمني والأهلي لمعرفة مصير المئات من المحتجزين داخل هذا الدير، قال ممدوح رمزي إن هذا البلاغ يطلب أشياء ليست من اختصاص مقدميه ولا من اختصاص الدولة ولا من اختصاص النيابة العامة!!.
