قام المجلس القومى لحقوق الإنسان بعمل لجنة لتقصى حقائق لحادثة قطار أسيوط والذي اسفر عن 51 قتيلا و 17 مصابا من أطفال المعهد الأزهري بقرية منفلوط ووقفت البعثة على مجموعة من الملاحظات التي تضمنها تقريرها الأول عن الحادث، حيث عكس التقرير العديد من المسببات للكارثة والعديد من السلبيات. وأشار التقرير إن غياب معايير ووسائل السلامة التى تنتهجها إدارات السكك الحديدية تسببت في كارثة راح ضحيتها عشرات الأطفال المصريين وإنتهكت حقوق أسرهم ، إثر حوادث تكررت بشكل دوري كان آخرها تصادم القطار 523 بأحدى عربات النقل الثقيل علي ذات النمط الذى تكرر في حادث أسيوط وقبل وقوعه بعشرة أيام ودون أن تتحرك الإدارة بإتخاذ أية تدابير لحماية الأرواح من مشكلة مزلقانات السكك الحديدية المنتشرة في كافة بقاع الجمهورية . وأكد المجلس ان آثار الحادث جاءت لغياب التجهيزات المعدات اللازمة من عربات إسعاف ومستشفيات مجهزة لنجدة أرواح المواطنين حين تعرضهم لأي حادث حيث لم تنتقل لمكان الواقعة سوى 6 عربات إسعاف استخدمت 4 فقط منهم لنقل الجثث والمصابين لم تستطع العربة الواحدة سوى نقل طفل أو طفلين على الأكثر لولا تدخل الأهالي لنقل الجرحي والجثث بعرباتهم الخاصة ، ولم تحمل تلك العربات أو غيرها أو حتى المستشفي أيا من أكياس لجمع أشلاء الجثث أو حفظها ، بالإضافة إلي أن المصابين الذين نقلوا إلي مستشفى جامعة أسيوط عانوا من الإهمال الشديد وندرة الخبرات والكفاءات البشرية وغياب العديد من المعدات والأجهزة والمستلزمات الطبية مع المعاملة المهينة حتى أنه بحلول الساعة الخامسة والنصف خلي قسم الإصابات بالدور الأرضي من أى من الأطباء المباشرين للحالات .