انتقد الدكتور سمير مرقص، مساعد رئيس الجمهورية السابق، تعامل الجميع مع الكنيسة باعتبارها ولية أمر الأقباط في مصر، وبالتالي يتم الاعتداء عليها إذا أخطأ مسيحي، مثلما حدث ذلك عند هروب الفتاة المسلمة". وقال مرقص، خلال اجتماع لجنة الأمن القومي بمجلس الشورى، اليوم الاثنين، برئاسة سعد عمارة، وكيل اللجنة، والتى واصلت مناقشة أحداث الخصوص والكاتدرائية، إن "ذكر الإعلام عند تناول الأخبار لهوية الشخص الدينية تبين الأمر وكأنه طائفي".
وأشار مرقص إلى وجود 3 سيناريوهات لمستقبل الدولة: إما أن تكون دولة مواطنة أو دينية أو عثمانية، موضحًا أن "دولة المواطنة ليست في خصومة مع الدين".
كما أشار مرقص إلى أن "باحثين اكتشفوا أن هناك 6 أسباب حاكمة للنزاعات الدينية خلال السنوات الماضية، منها الشائعات، وبناء كنيسة، والعلاقات العاطفية، والأراضي، والإعلام، ووقائع التحرش".