قال الباحث فى الشئون القبطية هانى لبيب، إن ملف علاقة البابا تواضروس والإخوان المسلمين، من أكثر الملفات حساسية، خاصة «بسبب العديد من محاولات الجماعة لتنظيم لقاء معه وسط رفض الكنيسة، مشيرا إلى المحاولات التى تتم من خلال رجل الأعمال رامى لكح، للقيام بدور الوسيط السياسى بين الكنيسة والإخوان، فضلا على مبادرات الأنبا أرميا لتهيئة المناخ بين الجانبين». وأوضح لبيب قائلا: «إن ملامح التغيير فى ملف إدارة الكنيسة، لم تظهر بعد، وهناك ملفات مغلقة مثل، المجمع المقدس، والرهبنة والتعليم الكنسى، وإدارة المقر البابوى الذى مازال يتسم بالتخبط فى سكرتارية البابا، والذى يتعامل بشخصنة مع الإعلاميين، وليس وفقا لمنظومة واضحة»، وأكد لبيب أنه طالب البابا من قبل بتعيين متحدث إعلامى علمانى غير معروف ولا ينتمى لأى حزب».
وانتقد لبيب دور السكرتارية البابوية والتى تلعب دورا مانع بين البابا والشعب القبطى والاعلام، واشار إلى أن ملف رجال البابا شنودة مازال مغلقا، فهناك محاولات من بعض رجال الكنيسة لعودة المشاركة فى اتخاذ القرار سواء بمحاولة التركيز أو تقديم بعض الأشخاص للبابا ومحاولة تشويه آخرين، لكن البابا تواضروس يضع كل الأشخاص المقربين منه محل اختبار وتقييم لإعادة تنظيم المقر البابوى.
وأكمل لبيب أن هناك ملفات معلقة لم يتخذ أى قرار نحوها وأهمها ملف الإعلام، فلابد من قرار جرىء لتشكيل منظومة خاصة بالإعلام الكنسى، كما أن الملف الثقافى فى الكنيسة لابد من تشكيل كيان واضح يندرج تحته المركز الثقافى، ومجلة الكرازة حتى يشعر المسيحى العادى بدور المركز الثقافى.
وانتقد لبيب، أن البابا تواضروس حتى الآن لم يجرِ أى لقاءات على عكس الأنبا باخميوس الذى أجرى لقاءات عديدة مع العلمانيين والنخبة المثقفة والإعلاميين، واستفادت الكنيسة من تلك اللقاءات، محذرا من أن عدم التواصل بين الكنيسة وأبنائها الذين يعملون فى العمل العام والسياسى يضر الكنيسة.
وأوضح مينا ثابت الناشط القبطى، أن ملف إعادة ترتيب البيت من الداخل لم يتطرق إليه البابا تواضروس، ولم يعطه مساحة كبيرة، مشيرا إلى أن هناك بعض الشخصيات بعينها داخل المنظومة الإدارية والكنسية كانت تقف كحجر عثرة بين قداسة البابا شنودة الثالث وشعبه.
وأكمل ثابت: أن البابا لم يتطرق أو يقيم حوارا مع الحركات الشبابية وخاصة بعد التصريحات الأخيرة المنسوبة له حتى لا يخلق نوعا من الاحتقان لدى البعض، وحذر من المحيطين به ومحاولتهم لحجبه عن الشعب والمشهد، وظهر ذلك بعد منع الشباب المتظاهر فى الكاتدرائية لمقابلة البابا تواضروس.
وأوضح المفكر القبطى مدحت بشاى، أن ملف الإعلام يحتاج من البابا كثيرا من الاهتمام، حتى لا تحدث أزمات وتنطلق تصريحات منسوبة خاطئة، وانتقد اهتمام الكنيسة بالخدمات مطالبا بالاهتمام أكثر بحال الأقباط وروحانيتهم وترك الأنشطة الاجتماعية للمجتمع المدنى.