حمل أساتذة كلية الآثار وموظفوها الإدارة مسؤولية سرقة بعض القطع الأثرية من المتاحف الموجودة بها، بسبب أمرها بإغلاق المتحفين المصري والإسلامي منذ 3 أشهر، ورفضها طلب أمناء المعهد بضرروة استمرار عمله، وفتحه يومًا واحدًا في الأسبوع على الأقل. وأشار أساتذة الكلية إلى أن عدم وجود أمناء وموظفين بالمتحف وإغلاقه سهل للصوص الدخول والخروج، ولفتوا إلى أنهم لو كانوا موجودين بشكل متواصل كان يمكن اكتشاف السرقة بشكل مبكر. وأكد الأساتذة أنه رغم تحرير محضر لدى الأمن الإداري منذ فترة بخطورة وجود السقالات التي تصل حتى سطح المتحف ونوافذه، فإن عميدة الكلية أصرت على استمرار إغلاق المتحف، ونقل موظفيه إلى مبنى آخر، مما سهل مهمة اللصوص، ولم يتم اتخاذ أي إجراء بخصوص المذكرة الرسمية التي تم تقديمها للأمن الإداري. وأكدت مها محمد، أمينة المتحف، أنها تحمل عميدة الكلية الدكتور عزة فاروق المسؤولية، خاصة أنها نبهت إلى أن قرار إغلاق المتحف غير قانوني، لعدم تأمينه وعدم إبلاغ وزارة الآثار، وخطورة الإغلاق على القطع الأثرية الموجودة بالمتحف، مما يتسبب في آثار سلبية كبيرة بها. ويضم المتحف المصري 1950 قطعة أثرية، ويقع في الدور الأخير بالمبنى الرئيسي لكلية الآثار، ويتكون من قاعتين رئيسيتين "قاعة متحف الآثار المصرية، وقاعة المتحف الإسلامي". وكما يضم المتحف مجموعة مهمة من الآثار المصرية المستخرجة من حفائر بعثات الجامعة المتواصلة على مدى 50 عامًا، في مناطق النوبة وتونا الجبل والمنيا، والجيزة والمطرية، تضم تماثيل ولوحات، ومومياوات، وبردي من عصور ما قبل التاريخ حتى العصور الرومانية، ومن بينها قطع ذهبية.
