دعا أيمن الظواهري، الرجل الثاني في تنظيم القاعدة، الشعب المصري إلى الجهاد من أجل تحقيق التغيير، وذلك من خلال نشر وتبني الأفكار التنظيمية. وجاءت هذه الدعوة خلال رسالة صوتية ومكتوبة نقلتها على نطاق واسع مواقع ومنتديات إلكترونية جهادية، خصصها القيادي في القاعدة لرثاء الرجل الثالث بالتنظيم مصطفى أبو اليزيد، شن خلالها أيضا هجوما على الحركات الاحتجاجية في الشارع المصري، مؤكدا أن التغيير لن يأتي عبرها، أو عبر الدكتور محمد البرادعي الرئيس السابق للوكالة الدولية للطاقة الذرية. وقال الظواهري في رسالته: "لن يأتي التغيير عبر البرادعي، ولا التباكي في الفضائيات، ولا بخوض الانتخابات، ولا الاكتفاء بالصياح في المظاهرات، ولا بالانزواء بذريعة طلب العِلم العقيم بغير عمل"، مضيفا أنه "لن يأتي التغيير أيضا عبر سفنٍ نرسلها لغزة ثم تعترضها إسرائيل في البحر فتقتل من تقتل، وتأسر من تأسر"، زاعما أن "التغيير سيأتي إذا شاركنا في الجهاد ودعمه"، كما دعا الراغبين في التغيير إلى "اتباع أفكار تنظيمه". وجدد الظواهري، في كلمته، الهجوم على حكومات مصر والسعودية واليمن وتركيا، وقال للشعب التركي: "إن التغيير سيأتي إذا قرر الأتراك أن يطالبوا حكومتهم بالكف عن التعاون مع إسرائيل، والاعتراف بها، وبالتوقف عن إرسال قواتها لتقتل المسلمين في أفغانستان، وبأن تمتنع عن محاربة الإسلام وشريعته"، كما هاجم علماء بالأزهر، لمواقفهم من حظر النقاب، كما اتهمتهم باستقبال قادة إسرائيل والموافقة على حظر الحجاب بفرنسا. وتعليقا على رسالة الظواهري، قال ضياء رشوان، الخبير في مركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية: "للمرة الأولى من نوعها ينتقد الظواهري الحركات الاحتجاجية في الشارع، بعد أن كان يشيد بها، كما أنها المرة الأولى التي يذكر فيها البرادعي"، وأوضح أن "الظواهري ينطلق في انتقاده من منهجه الرافض للتدرج والإصلاح، والذي يسعى لإقامة الدولة وأركانها على الانقلاب والثورة"، وانتقد الخبير بمركز الأهرام بشدة طرح فكر القاعدة كنموذج للتغيير، وقال: "المنظمة طبيعتها متمردة، ولم تستطع أن تقيم دولة على الإطلاق".