أثار القرار الجمهوري الخاص بتعيين د. أحمد الطيب شيخاً للجامع الأزهر، تساؤلاً مهماً حول من سيخلف في رئاسة جامعة الأزهر؟. ويتوقع المراقبون أن يتم إصدار قرار جمهوري لتعيين رئيس الجامعة في غضون أيام قليلة، وذلك بناء على ترشيح الوزير المختص واقتراح شيخ الأزهر نفسه. ويشترط من يحتل هذا المنصب أن يكون قد شغل أحد كراسي الأستاذية بجامعة الأزهر، وفقا لقانون 103 لسنة 1961 بشأن رئاسة تنظيم الأزهر والهيئات التي يشملها. ويتولى رئيس الجامعة إدارة شئون الجامعة العلمية والإدارية والمالية، كما يمثلها أمام الهيئات الأخرى، وهو مسئول عن تنفيذ القوانين واللوائح في الجامعة، وقرارات مجلس الجامعة في حدود هذه القوانين واللوائح، وله في حالة الإخلال بالنظام أن يقف الدراسة كلها أو بعضها، على أن يعرض قرار الوقف على مجلس الجامعة خلال 3 أيام. ويقدم رئيس الجامعة إلى شيخ الأزهر في نهاية كل سنة جامعية، تقريرا عن شئون التعليم والبحوث العلمية وسائر نواحي النشاط الأخرى بالجامعة. ويكون له 4 نواب يعاونوه في إدارة شئونها العلمية والإدارية والمالية، ويقوم أقدمهم مقامه عند غيابه. وكان د. أحمد الطيب قد تولى رئاسة الجامعة عام 2003، وجدد الرئيس مبارك للطيب فترة رئاسته لجامعة الأزهر عام 2007. يذكر أنه تولى رئاسة جامعة الأزهر منذ بداية الدراسة بها عام 1961، العديد من الشخصيات البارزة بداية من أ.د. محمد محمد عامر البهى، التي امتدت فترة رئاسته من 1961 – 1964، وأ.د. محمد حسن فايد الذي تولى الرئاسة في الفترة ما بين 1974 – 1979، وسلف الرئيس الحالي أ.د. أحمد عمر هاشم الذي استمر رئيساً لجامعة الأزهر منذ 1987 إلى 1995. ويعتبر الأزهر أقدم جامعة إسلامية عرفها العالم منذ القرن الرابع الهجرى (العاشر الميلادى)، وما زالت تمارس دورها التعليمي والفكري والثقافي حتى الآن.
