يتحدث البعض عن وجود أزمة داخل لجنة إعداد الدستور بسبب المواد الخاصة بالقوات المسلحة بالدستور الجديد.. فقد تم تشكيل لجنة مصفرة لبحث المواد المتعلقة بالقوات المسلحة يشارك في عضويتها ممثلان عن القوات المسلحة... فقد هددت جبهة الإنقاذ الوطنى، «بسحب ممثليها ال11 فى اللجنة، حال الإبقاء على ما اعتبرته تمييزا للمؤسسة العسكرية فى الدستور. وانتقد اللواء مجدي بركات، ممثل القوات المسلحة بلجنة الخمسين، مطالبات بعض أعضاء اللجنة بمنع محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري، موجها الشكر لمن وجه التحية للقوات المسلحة بمناسبة نصر أكتوبر. وأضاف بركات أمام الجلسة العامة للجنة الخمسين أن المطالبة بحظر محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري ينم عن عدم علم بالقضاء العسكري لأن هناك حالات عالمية لمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري ومن ذلك في حالة إعلان الحرب من غير رئيس الجمهورية أو المسؤول عن ذلك تكون هذه جريمة. وأشار أيضا إلى أن هناك في حالات أخرى مثل أسرى الحرب من المدنيين، ولابد أن يخضعوا للقانون العسكري، وهذا ما تنص عليه اتفاقية جنيف. أما عن المواد التي تخص الجيش ويثير بعضها خلافات فهي كالتالي: المادة 195 وزير الدفاع هو القائد العام للقوات المسلحه ويعين من ضباطها .. وهي مادة موائمة سياسية نتيجة للوضع السابق وربما يتم تطويرها مستقبلا عندما يتم تطوير القوات المسلحه و الزامها بالعمل العسكري المحترف فقط طبقا للدستور ويمكن ان يكون في مرحلة لاحقة وزير الدفاع منصب سياسي مدني بخلاف القائد العام للقوات المسلحة والذي يختار من بين الأعضاء. المادة 196 ينظم القانون التعبئة العامة ويبين شروط الخدمة والترقية والتقاعد فى القوات المسلحة, وتختض اللجان القضائية لضباط وأفراد القوات المسلحة دون غيرها بالفصل فى كافة المنازعات الإدارية الخاصة بالقرارات الصادرة فى شأنهم. وهي مادة لا خلاف عليها المادة 197 - ينشأ مجلس للدفاع الوطني، يتولى رئيس الجمهورية رئاسته، ويضم في عضويته رئيسي مجلسي النواب والشورى ورئيس مجلس الوزراء، ووزراء الدفاع والخارجية والمالية والداخلية ورئيس المخابرات العامة ورئيس أركان القوات المسلحة وقادة القوات البحرية والجوية والدفاع الجوي ورئيس هيئة عمليات القوات المسلحة ومدير إدارة المخابرات الحربية والاستطلاع. ولرئيس الجمهورية أن يدعو من يشاء من المختصّين والخبراء لحضور اجتماعات المجلس دون أن يكون لهم صوت معدود. ويختص بالنظر في الشؤون الخاصة بوسائل تأمين البلاد وسلامتها، ومناقشة موازنة القوات المسلحة، ويجب أخذ رأيه في مشروعات القوانين المتعلقة بالقوات المسلحة؛ ويحدد القانون اختصاصاته الأخرى. المنتقدون: يجادل المنتقدون بأن مجلس الدفاع الوطني المقترح سيستمر في حجب المؤسسات العسكرية ومشاريعها الاقتصادية الضخمة في مصر بغطاء من السرية ويبقيها فوق القانون. ويقولون إن لغة النص تتيح للمجلس السيطرة على جميع جوانب الميزانية العسكرية. وهم يعتبرون أيضاً أنها تضفي غموضاً على مدى الطبيعة الاستشارية للمجلس عندما يتعلّق الأمر بصياغة التشريعات وعما إذا كان ذلك يتعارض مع سيادة السلطة التشريعية. ويشير المنتقدون أيضاً إلى أن المادة 182 في دستور العام 1971، الذي أنشأ المجلس الوطني للدفاع، لم تمنحه المسؤولية عن ميزانية القوات المسلحة. المؤيّدون: يقول المدافعون عن هذه المادة إن المادة 182 في دستور العام 1971 هي التي أنشأت مجلس الدفاع الوطني وأنه لا ينبغي أن يكون هناك سبب للخلاف. وهم يعتقدون أن المادة الجديدة توسّع وتوضّح ولاية المجلس فقط. المادة 198 - القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل في كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها، وجرائم الخدمة العسكرية وتلك التي تقع داخل المنشآت العسكرية أو على منشآت القوات المسلحة ومعداتها وأسرارها. ولا يجوز محاكمة مدني أمام القضاء العسكري إلا في الجرائم التى تضرّ بالقوات المسلحة ويحدد القانون تلك الجرائم، ويبين اختصاصات القضاء العسكري الأخرى. وأعضاء القضاء العسكري مستقلون، غير قابلين للعزل. ويكون لهم كافة الحصانات والضمانات والحقوق والواجبات المقررة للجهات القضائية. المنتقدون: يعارض المنتقدون الصيغة التي تسمح بإجراء محاكمات عسكرية للمدنيين في الجرائم التي تضرّ القوات المسلحة، بحجّة أنه يمكن تطبيق مثل هذا المعيار بصورة فضفاضة، وأنه سيستمرّ توفير المبرّرات لإجراء محاكمات عسكرية للمدنيين. طبيعة لغة المادة مثيرة للجدل خاصة بسبب الأحداث التي شهدها العام ونصف العام الماضيين، وهي الفترة التي شهدت محاكمة عشرات الآلاف من المصريين أمام المحاكم العسكرية بذريعة أن جرائمهم المزعومة أثّرت على القوات المسلحة. المؤيّدون: المدافعون عن المادة يزعمون أنها تحمي المدنيين فعلاً، وأنها على عكس الدساتير السابقة، تحظر صراحة أي محاكمة للمدنيين لأسباب أخرى بخلاف الجرائم التي تتعلّق بالقوات المسلحة.
