رفضت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية الاعتداء على الكنائس من قبل أنصار جماعة الإخوان فى مختلف المحافظات، والتى تمت عقب فض اعتصامات رابعة العدوية والنهضة. وقال الأنبا مرقص، أسقف شبرا الخيمة في تصريحات صحفية إنه على الدولة حماية الأقباط والكنائس، متسائلا، "ماذا يجب أن نفعل.. نحن مجنى علينا.. ويجب على الدولة أن تحدد ماذا ستفعل لحماية الكنائس". وضرب الأنبا مرقص مثالا قائلا، "ناس بتحرق بيتى هل سأقول لهم متشكر.. نلتمس من الدولة حماية الأقباط ورعاية الكنائس، ونعم الله هو الحافظ ولكن يجب أن يكون للدولة دور". واستنكر أن يكون الأقباط هم الذين يدفعون الثمن بعد مشاركتهم فى ثورة 30 يونيو قائلا، "الأقباط مثل المسلمين فى البلد، وشاركوا فى ثورة 30 يونيو، فهل كان مطالبا منهم أن يختبئوا فى منازلهم أثناء الثورة؟ ولماذا يقومون بالاعتداء على الكنائس فقط ولم يعتدوا على الجوامع أيضا". وقد وجهت حركة تمرد نداء عبر صفحتها على موقع التواصل الاجتماعى "فيس بوك" دعت فيه شباب مصر المسلم قبل المسيحى فى كل منطقة إلى حماية الكنائس بلجان شعبية. وقالت الحركة إن الورقة الأخيرة للإخوان وأنصارهم هو إيقاع المجتمع فى فتنة على اساس طائفى بعد فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة.