حالة من الجدل أثارتها الفرقة "95 إخوان" والتي كشفت عنها لجنة تقصى الحقائق في تقريرها، الأربعاء 2 يناير، وكشفت عن تورط ما يسمى بالفرقة 95 إخوان التابعة لجماعة الإخوان المسلمين، في قتل المتظاهرين، موضحة أن التقرير تضمن شهادات عن قيام عناصر من الإخوان المسلمين باعتلاء أسطح العمارات بالتحرير أثناء ثورة 25 يناير. وقد دشَّن نشطاء على موقع التواصل الاجتماعي فيس بوك صفحة ساخرة تحمل عنوان "الفرقة 95 إخوان"، تتهكم على توصل لجنة تقصي الحقائق فى أحداث الثورة المكلفة من رئيس الجمهورية الدكتور محمد مرسي، إلى تشكيل جماعة الإخوان المسلمين ل فرقة مسلحة تحمل اسم 95 إخوان لقتل الثوار فى موقعة الجمل، وفتح السجون فى بدايات أحداث ثورة ال25 من يناير. الصفحة انتهجت نهجا ساخرًا عن طريق عمل رسوم تظهر شفرات ورسائل بين أعضاء الفرقة، وصورًا لتدريبات مسلحة لهم، تصل إلى حد الفكاهة. الدكتور عبد الرحيم علي، مدير المركز العربي للدراسات الاستراتيجية، قال إن الكلام عن هذه الفرقة أثاره أسامة ياسين وزير الشباب الحالي، أثناء حديثه ببرنامج "بلا حدود" مع الإعلامي أحمد منصور، على قناة الجزيرة، وقال إن هذه الفرقة أسست لتأمين ميدان التحرير أثناء اليوم الأولى للثورة، وأكد عبد الرحيم علي أن المجموعة "95 إخوان"، تأسست واقعيا في عام 1995. وأضاف عبد الرحيم علي، أنه في عام 1995 كان هناك ما سمي إعلاميا بقضايا مجلس شورى الجماعة، وهي القضايا رقم 8 و11 لسنة 95، و12 لسنة 96، والتي حكم فيها على ما يقرب من 85 قيادات جماعة الإخوان بالسجن من 3 ل5 سنوات، وقد جاءت هذه المحاكمات نتيجة لتراكمات بين النظام السابق وجماعة الإخوان المسلمين في الفترة من عام 1981، وحتى عام 1991، وخلال هذه الفترة كانت العلاقة طيبة بين النظام والجماعة، وقد أ‘كطى مبارك تعليماته للأمن بترك الجماعة تعمل دون أي تضييق، وكان هدفه أن يعطي لرسالة للعالم بأن يفرق بين تعامله بالقوة بين الجماعات الإرهابية المتمثلة وقتها في الجماعة الإسلامية، وبين التيارات الإسلامية الأخرى مثل جماعة الإخوان والتي كانت تحمل الشعار الإسلامي في عملها السياسي. وأكد عبد الرحيم علي، أنه خلال فترة الثمانينات نجح الإخوان في دخول مجلس الشعب وكانت هناك مفاوضات بين النظام والإخوان، ولكن الإخوان طمعوا في أكثر من ذلك وبدأوا في السيطرة على النقابات مثل الأطباء والصيادلة والمحامين والمهندسين، وفي كارثة زلزال 1992، كان واضحا دور الإخوان في الشارع المصري، وقيامهم بمساعدات عديدة، علاوة على الخلاف الذي حدث في حرب الخليج الثانية من مساندة الجماعة لنظام صدام حسين وتأييده في حربه على العراق، في هذه المرحلة وصلت تقارير لمبارك تؤكد اختراق الجماعة لبعض أجهزة الدولة وخروجها عن الاطار المتفق عليه. وأكد عبد الرحيم علي، أن هذه كانت مرحلة فارقة في تاريخ الجماعة بمبارك، وكانت الجماعة قد أرسلت في الفترة من 81 وحتى عام 1991، جماعات للتدريب على السلاح في أفغانستان، أو ما يسمي بالجماعات الساخنة، وذلك بهدف تكوين نواة لجيش إسلامي يتدخل في مناطق الصراعات التي توجد فيها أقليات إسلامية، على أن تتدخل هذه الجماعات أيضا في البلاد الإسلامية التي تقوم فيها ثورات ولا تتدخل إلا في الضرورة القصوي، بحيث تكون نسب نجاحها كبيرة، أو يتم القضاء عليها تماما في هذه المواجهة، مشيرا إلى أن هو ما حدث تحديدا في الأيام الأولى للثورة عندما رأت الجماعة نجاح الثورة ورأت أيضا أن خطاب مبارك العاطفي قد يؤدي إلى تهدئة الوضع وانتهاء الثورة، وبالتالي تم الدفع بالمجموعة "95 اخوان"، وهي نفس المجموعة التي هددت الإخوان بأنها ستنزل الشارع أيام الانتخابات الرئاسية في حال فوز الفريق أحمد شفيق. وأضاف عبد الرحيم علي، أن هذه المجموعات يطلق عليها أيضا المجموعات الساخنة، وبدأت في أفغانستان، وعندما سيطرت حكومة حماس على غزة كان بعض منها يسافر للتدريب في غزة ثم يعود عبر الأنفاق، وأضاف أن ال12 مليون قطعة سلاح التي دخلت الفترة الأخيرة لمصر بعد الثورة، جزء منها كان لحساب المجموعة "95 إخوان"، وذلك تحسبا لقيام الجيش بأي إنقلاب أو سيطرة على الحكم. واختتم عبد الرحيم علي تصريحاته قائلا، بأن ذلة لسان من اسامة ياسين كشفت المستور بخصوص المجموعة 95 إخوان.
