تسبب قرارالدكتور أمين السيد لطفي القائم باعمال رئيس جامعة بني سويف بتعيين الدكتور أنس جعفر محافظ بنى سويف السابق ورئيس جامعة النهضة السابق مستشارا قانونيا للجامعة بمبلغ 10 الآف جنية شهريا ازمة جديدة داخل الحرم الجامعى ولقيادت المحافظة حيث يعتبر أنس جعفر صاحب أشهر قضية إستيلاء على ارضى أملاك دولة لصالح جامعة النهضة أبان توليه محافظا لبنى سويف عام 2005 والتى تم تقديرها فيما بعد بمبلغ 58 مليون جنية لم تسدد للمحافظة حتى الان والتى حصل فى مقابلها على رئاسة جامعة النهضة الخاصة عقب ترك منصبة كمحافظ مباشرتا وكشف مصدر مقرب من رئيس الجامعة أن الدكتور أمين لطفى القائم باعمال رئيس الجامعة يتطلع لصدور قرار بتعينة رئيسا للجامعة وقد يكون للدكتور على السلمى نائب رئيس الوزراء ووزير الاستثماردوراكبيرا فى إصدار هذا القرار فى مقابل قرار الدكتور أنس جعفر وأضاف المصدر أن الدكتور أنس جعفر سبق وأن اصدرقراربتولى الدكتورعلي السلمي مستشارا اكاديميا لجامعة النهضه الخاصة مقابل راتب 50 ألف جنية شهريا اثناء تولى الاول رئاسة الجامعة وقد خرج السلمى من منصبة بالجامعة عقب قيام الدكتور صديق عفيفى رئيس مجلس الامناء بالاستغناء عن جعفر والاطاحة به من منصبه فيما كشف الدكتور أمين لطفى القائم باعمال رئيس الجامعة للدستورعن صحة القرار وقال إنه يجوز تعيين أكثر من مستشار قانونى للجامعة ولا غضاضة فى ذلك ومن حق رئيس الجامعة إختيار من يرى فيه الكفائه والخبرة للمكان ياتى ذلك فى اعقاب ثورة 25 ينايرومحاولات لطفى البقاء وتوليه المسؤلية رئيسا لجامعة بنىسويف بدلا من قيامه بالاعمال تسبب قرار لطفى فى حالة من الغضب الشعبى والجماهيرى لابناء بنىسويف بسبب اهداراموال الجامعة والطلاب والاساتذة فىمناصب شرفية لتحقيق اهداف شخصية غير معلنة ووجود الكثير من الكفاءات العلمية بالمحافظة لايستفاد بها اضافة الى تاريخ الدكتور انس جعفر وعلاقاته بفتحى سرور رئيس مجلس الشعب السابق وترزى القوانين فى عهد النظام البائد والذى رشحه لتولى المسؤلية كمحافظ بعد رئاسته لجامعة بنىسويف والذى اثبت خلالها فشله بعد نجاحه فى تمرير اوراق وارض جامعة النهضة