استنكرت قيادات كنسية الحادث الإرهابي معتبرة أن هناك أيادي خارجية تعبث بأمن مصر وتستهدف أمنها القومي محذرة من الانسياق خلف محاولات الوقيعة بين عنصري الأمة. وأوفد البابا شنودة الثالث بطريرك الكرازة المرقسية الأنبا يؤانس سكرتيره الخاص إلي الإسكندرية لمتابعة مجريات الأمور للحادث حيث من المقرر أن يرأس سكرتير البابا صلاة تشييع جنازة المسيحيين الضحايا بحضور عدد كبير من الأساقفة والكهنة. قال الأنبا مرقس رئيس لجنة الإعلام بالكنيسة: إن البابا شنودة أصابته الدهشة والصدمة فور سماعه خبر الحادث أثناء تواجده بدير الأنبا بيشوي بوادي النطرون. وأشار مرقس إلي أن هناك احتمالات بوجود أيد خفية داخل مصر تابعة لتنظيم القاعدة ساعدت علي وقوع الحادث وقال: «إنه أمر مؤسف أن تتكرر الحوادث والهجمات ضد الكنائس في نفس التوقيت حيث أحداث الكشح كانت بداية العام وبعدها حادث نجع حمادي. من جهتها أعربت الكنيسة الكاثوليكية في مصر عن حزنها وشجبها لما شهدته كنيسة القديسين بالإسكندرية في بداية العام الجديد وقال الأنبا بطرس فهيم النائب الباباوي للأقباط الكاثوليك ل«روزاليوسف»: «إن الموقف سيئ وأمر مؤسف أن يشعر الأقباط في بداية عام جديد وعيد الميلاد بأنهم معرضان للخطر. وقال د. صفوت البياضي رئيس الطائفة الإنجيلية إن هناك تربصا واضحا من قبل فئة متطرفة علي مصر وخاصة الأقباط بهدف الوقيعة بين المسيحيين والمسلمين. وأصدرت الكنيسة القبطية بالإسكندرية بياناً استنكر الحادث واعتبر أنه يهدد أمن وآمان المواطنين تصعيداً للأحداث الطائفية الموجهة ضد الأقباط مشيراً إلي أن الكنيسة شهدت نفس الأحداث المؤسفة منذ أربع سنوات. عززت أجهزة الأمن من إجراءاتها أمام الكنائس في القري والمدن بالمحافظات بعد تفجير الاسكندرية حيث تم إعلان حالة الاستنفار الأمني بين رجال الشرطة خشية وقوع أي حوادث جديدة. في الاسماعيلية قال الانبا مكاريوس توفيق الاسقف الثالث المسئول بالكنيسة الكاثوليكية الفرنسية إن ما تم في احداث كنيسة القديسين بالاسكندرية يعد اجراما. وفي الاقصر فرضت الشرطة إجراءات أمنية مشددة وكثفت الحراسات حول الكنائس ودور العبادة المسيحية وشملت الاجراءات توسيع دائرة الاشتباه ونشر نقاط لتفتيش القادمين والخارجين لمدن المحافظة وتشديد الاجراءات بمطار الاقصر. وفي المنيا أكد القس داود ناشد وكيل مطرانية أن احتفالات رأس السنة مرت في المحافظة بسلام دون أي مشكلات، لافتا إلي أن بعض المسلمين حرصوا علي مشاركتهم. وأعرب عن أمنياته أن تستمر الاحتفالات حتي يوم 7 يناير وأن تمر بسلام دون أي مشاكل ووصف الانبا بيمن أسقف نقادة وقوص في قنا الحادث بأنه حادث مؤلم ويعد صدمة جديدة في أعياد الميلاد أعادت ذكريات حادث نجع حمادي الحزين. وفي السويس وجهت قيادات الكنيسة بدخول المسيحيين للكنائس علي أفواج وعدم تجمعهم في أماكن محدودة خلال احتفالات أعياد الميلاد وقامت أجهزة الأمن بوضع حواجز أمام الكنائس لمنع وقوف السيارات أمامها، وفي أسيوط أدت كنائسها الصلوات لحفظ مصر من الفتنة. وفي بني سويف كثفت قوات الامن تواجدها أمام الكنائس حتي ادي المسيحيون الصلوات في أمن.