يواجه مركز ابن خلدون شبح الافلاس بسبب توقف معظم الانشطة الداخلية نتيجة لرفض عدة جهات مانحة علي رأسها هيئة المعونة الامريكية ال«USAID» تمويل هذه الانشطة مشترطة التعامل مع الجمعيات الاهلية المشهرة من قبل وزارة التضامن الاجتماعي الامر الذي أدي الي تسريح «ابن خلدون» للعديد من الباحثين بالمركز والامتناع عن صرف المكافآت الشهرية لهم وتأخر اصدار التقرير السنوي للمركز والذي يحمل عنوان الاقليات في الوطن العربي. فيما تبادلت الاتهامات بين قيادات المركز بالفساد المالي حيث تزايدت الشكاوي التي أرسلت عبر البريد الالكتروني ل«د.سعد الدين إبراهيم» والتي كان اخرها الشكوي المرسلة من الباحث بالمركز جمال صلاح الدين ضد المهندس أحمد رزق شقيق سعد الدين إبراهيم. إبراهيم اضطر الي تشكيل لجنة داخلية تضم د.مدحت خفاجي رئيس مجلس الامناء بالمركز ود.محب زكي كبير المستشارين لمراجعة ماليات المركز. وعلمت «روزاليوسف» أن اللجنة اكتشفت استيلاء أحمد رزق علي أموال بالمركز وفي اتصال هاتفي بين محب وسعد الدين إبراهيم هدد الاول بالاستقالة من المركز اذا لم يكف رزق عن انفراده بالقرار مما دفع إبراهيم لمحاولة تهدئة الموقف بأن وعد بأن يعود الي مصر في يونيو المقبل. وكشفت اللجنة عن استنزاف أحمد رزق للموارد المالية للمركز في بنود مالية خاصة بشراء سيارة بلغ سعرها 36 ألف جنيه اضافة إلي صرف 5000 جنيه راتبا للسائق الخاص له و970 جنيها أعمال صيانة وما شابه ذلك حتي بلغت التجاوزات المالية ما يقرب من ال100 ألف جنيه خلال الثلاثة أعوام الماضية.