أثارت الاتهامات التي وردت في كتاب القمص عيد المسيح بسيط كاهن كنيسة السيدة العذراء بمسطرد غضب قيادات الكنيسة الإنجيلية خاصة أنها تحدثت عن تحريفهم الإنجيل ووصفتهم بالملحدين لأنهم لا يؤمنون بظاهرة تجلي العذراء، وقال القس رفعت فتحي رئيس الكنيسة المشيخية والأمين العام لسندوس النيل الإنجيلي الاتهام بالإلحاد فكرة عفي عليها الزمن لأننا لسنا يوذيين ولا سلطان لأحد علينا لأن الدين علاقة مع الله. وقال القس صفوت البياضي رئيس الطائفة الإنجيلية: "الأرثوذكسية لم تفوض القمص بسيط للهجوم علينا لذا نعتبره مجرد تصرف فردي.. ولا يوجد نص في الكتاب المقدس يؤكد ظهور العذراء" ورغم زيادة الحرب الكلامية بين الأرثوذكس والإنجيليين منذ هجوم الأنبا بيشوي سكرتير المجمع المقدس علي البروتستانت باتهامهم باختراق الكنيسة الأرثوذكسية طائفياً تصر الكنيسة علي الإبقاء علي بيشوي وسيطاً في الحوار بين المذهبين رغم غضب عناصر إنجيلية من ذلك مما يجمد أي محاولة للتفاهم فيما بينهم. وأدان د. الفس اندريا ذكي نائب رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر الجدل الإعلامي المثار حاليا حول ظهور السيدة العذراء علي بعض الكنائس بالقاهرة مؤكدا علي احترام مشاعر الآلاف الذين أكدوا هذا الظهور من مسلمين ومسيحيين معتبرا تصريحات الإنجيليين في ذلك مواقف شخصية. من ناحية أخري رفضت محكمة القضاء الإداري برئاسة المستشار حمدي ياسين نائب رئيس مجلس الدولة الاعتراف بطائفة "شهود يهوه" كطائفة دينية مسيحية، وعدم أحقيتهم في تأسيس جمعيتهم (جمعية شهود يهوه المسيحية الثقافية لتنمية المجتمع). وأضافت المحكمة إن قداسة البابا شنودة بوصفه رئيسا لمجلس الأقباط الأرثوذكس في عام 2005 وصف شهود يهوه بأنها مجموعة من البدع وأنهم ليسوا مسيحيين. وأكدت المحكمة أن معتقدات تلك الطائفة تتصادم مع النظام العام المصري سواء في إنكارهم لجميع الأديان ومناداتهم بمقاطعة الانتخابات كما أنها تثير الفتن الدينية وتسعي لهدم الوحدة الوطنية.