مسجد السيدة نفيسة أنشأ فى 1314 هجرية الموافق 1897م، وسمى بهذا الاسم نسبة إلى السيدة نفيسة وهى بنت الحسن بن زيد بن الحسن بن على بن أبى طالب رضى الله عنه، ولدت بمكة ونشأت بالمدينة، وقدمت إلى مصر فى سنة 193 هجرية = 809م وأقامت بها إلى أن توفيت فى سنة 208 هجرية = 824م حيث دفنت فى منزلها وهو الموضع الذى به قبرها الآن والذى عرف فيما بعد بمشهد السيدة نفيسة، وكانت سيدة صالحة زاهدة تحفظ القرآن وتفسيره. ويقال إن أول من بنى على قبرها هو عبيد الله بن السرى بن الحكم أمير مصر. وفى سنة 482 هجرية = 1089م أمر الخليفة الفاطمى المستنصر بالله بتجديد الضريح كما أمر الخليفة الحافظ لدين الله فى سنة 532 هجرية = 1138م بتجديد القبة. وفى سنة 714 هجرية أمر الناصر محمد بن قلاوون بإنشاء مسجد بجوار المشهد وفى سنة 1173 هجرية الموافق 1760م جدد الضريح والمسجد الأمير عبدالرحمن كتخدا. ولما أتلف الحريق قسما كبيرا من المسجد فى سنة 1310 هجرية أمر الخديو عباس باشا الثانى بإعادة بنائه هو والضريح وتم ذلك فى سنة 1314 هجرية الموافق 1897م وهو المسجد القائم الآن بالحى المعروف باسمها. ووجهة المسجد الرئيسية يتوسطها المدخل وهو بارز عن سمتها ومرتفع عنها تغطيه طاقية مقرنصة وتقوم أعلاه منارة رشيقة بنيت مع الوجهة على الطراز المملوكى، ويؤدى هذا المدخل إلى دركاة يصل الإنسان منها إلى داخل المسجد وهو عبارة عن حيز مربع تقريبا مسقوف بسقف خشبى منقوش بزخارف عربية جميلة ويعلو منتصف البائكة الثانية منه شخشيخة مرتفعة، وهذا السقف محمول على ثلاثة صفوف من العقود المرتكزة على أعمدة رخامية مثمنة القطاع. ويتوسط جدار القبلة محراب مكسو بالقيشانى الملون البديع وفى طرف هذا الجدار وعلى يمين المحراب باب يؤدى إلى ردهة مسقوفة بوسط سقفها شخشيخة حليت بنقوش عربية ومن هذه الردهة يصل الإنسان إلى الضريح بواسطة فتحة معقودة وبوسطه مقصورة نحاسية أقيمت فوق قبر السيدة نفيسة، ويعلو الضريح قبة ترتكز فى منطقة الانتقال من المربع إلى الاستدارة على أربعة أركان من المقرنص المتعدد الحطات. ومن الطرائف الأثرية التى نقلت من مشهد السيدة نفيسة ذلك المحراب الخشبى المتنقل الذى صنع للمشهد بين سنتى 532-541 هجرية = 1137- 1147م والمودع الآن بدار الآثار العربية مع محرابين خشبيين آخرين صنع أحدهما للجامع الأزهر والثانى لمشهد السيدة رقية، وفيها تتمثل دقة صناعة النجارة الفاطمية ويتجلى بهاؤها.
