استجابة للجنة نظام الحكم أدخلت لجنة الصياغة عددا من التعديلات علي المسودة الأولي للدستور، ورغم ذلك استمرت الاتهامات الموجهة لها بسبب صلاحيات الرئيس، وأكدت مصادر بالجمعية أن صلاحيات الرئيس لا تختلف كثيرا عما ورد في دستور 71 والذي أسقطته الثورة علي حد وصفهم. ووصل الاعتراض من جانب بعض القوي المدنية والسلفية لدرجة أنهم قالوا لأعضاء حزب الحرية والعدالة «هذا الدستور ليس من أجل د. محمد مرسي الرئيس الحالي وإنما من أجل أي رئيس مقبل. أول التعديلات التي تم ادخالها جاءت علي النسبة التي يعينها الرئيس في الشوري حيث تم تغييرها من «ربع أعضاء المجلس» إلي 10 أفراد فقط وكانت لجنة نظام الحكم قد اعترضت علي نسبة ال 25% حتي لا تكون كوتة للحزب الذي ينتمي له الرئيس بما يحوله إلي أغلبية في ظل الاختصاصات الجديدة التي تم إعطاؤها لمجلس الشوري . ولانهاء الأزمة مع المحكمة الدستورية العليا وافقت لجنة نظام الحكم علي اقتراح لجنة الصياغة بإحالة تشكيل المحكمة للقانون بدلا من النص علي عدد محدد، كما تم تعديل النص الخاص بالرقابة اللاحقة بحيث شدد التعديل علي أن قوانين الانتخابات لا تخضع للرقابة اللاحقة متي تحققت المحكمة من أعمال مقتضي قرارها الذي اصدرته بالفعل . وأضافت التعديلات الجديدة اختصاصات لمجلس الدولة بما يجعله يراجع التشريعات قبل إصدارها من مجلس الشعب وفي محاولة لتقليص صلاحيات الرئيس التي اشتكي منها أعضاء لجنة نظام الحكم شددت التعديلات علي أن يكون رأي مجلس الشيوخ إلزامياً في اختيار رؤساء الأجهزة بعد أن كان النص الاول يؤكد علي اقتصار الامر علي أخذ رأي المجلس كما ألغت بعض الأجهزة المستقلة مثل « الهيئة العامة للأوقاف والهيئة العامة للتراث . وأعادت التعديلات الجديدة علي المسودة الأولي النص الذي سبق وأن اعدته لجنة نظام الحكم والذي كان يجبر الرئيس علي الاستقالة إذا رفض الشعب «حل البرلمان» بعد الاستفتاء العام الذي يدعو إليه . وألغت المسودة المعدلة النص الذي كان يمنع تعديل الدستور الا بعد 5 أو 10 سنوات من صياغته. اللافت هو استحداث منصب نائب الرئيس في التعديلات الجديدة، وجاء النص علي الصيغة الآتية « يعين رئيس الجمهورية خلال 60 يوماً علي الاكثر من مباشرته مهام منصبه نائبا له أو أكثر ويحدد اختصاصاته فاذا اقتضت الحال إعفاءه من منصب وجب أن يعين غيره وتسري الشروط الواجب توافرها في رئيس الجمهورية والقواعد المنظمة لمساءلته علي نواب الرئيس» وتم إضافة نص آخر بأن يتولي رئيس الجمهورية سلطاته بواسطة الوزراء ونوابه فيما عدا المنصوص عليها بالمواد « 143 و 149 و 150 152 و 153 من الدستور ولا تعفي أوامر رئيس الجمهورية أو رئيس الوزراء الشفهية أو الكتوبة من المسئولية « ومن المعروف أن هذه المواد تتعلق بتشكيلة الحكومة وإصدار القوانين وتمثيل مصر دوليا وإبرام المعاهدات وتعيين العسكريين وعزلهم واعتماد السفراء وكذلك إعلان حالة الطوارئ». ونصت المواد المستحدثة ايضا علي أن ينظم القانون تفويض رئيس الجمهورية بعض اختصاصاته لرئيس الوزراء أو نوابه أو الوزراء أو المحافظين . كما تم استحداث مادة تسمح لنائب الرئيس أن يحل محل الرئيس إذا قام مانع مؤقت يحول دون مباشرته لسلطاته. وتم استحداث نص يؤكد علي أسبقية إجراء الانتخابات الرئاسية عن أي انتخابات اخري اذا تزامن خلو منصب رئيس الجمهورية مع اجراء انتخابات لأحد مجلسي البرلمان وتمديد عضوية المجلس بقوة القانون لحين إتمام انتخاب الرئيس. اللافت تقييد بعض صلاحيات الرئيس فيما يتعلق بالحرب في المسودة الجديدة حيث جاء النص علي «أن الرئيس لا يعلن الحرب ولا يرسل القوات المسلحة إلي خارج البلاد إلا بعد أخذ رأي مجلس الدفاع الوطني وموافقة مجلس النواب بأغلبية عدد الأعضاء. وشددت التعديلات علي شروط الترشح لمنصب رئيس الجهورية حيث شددت علي ضرورة ألا يكون حاملاً لجنسية دولة أخري بعد أن كان النص الأول يقتصر علي عبارة أن يكون مصريا من أبوين مصريين». اللافت هو استمرار الأزمة حول المادة «143 «والتي تنص علي أن رفض البرلمان للحكومة التي يشكلها الرئيس أكثر من مرتين تستوجب حل الرئيس للبرلمان » كما استمرت الأزمة الخاصة بشروط اعلان حالة الطوارئ حيث استمر النص علي أن يكون أخذ رأي البرلمان لاحق علي إعلان «الطوارئ» الأمر الذي اعترض عليه أعضاء لجنة نظام الحكم». وفي سياق متصل هاجم المستشار أيمن عبد الغني النص الجديد الذي وضعته المسودة الجديدة والذي يقوم علي وضع نص مرادف للنيابة المدنية بالنص علي أنها هيئة مستقلة ينظم القانون اختصاصاتها وقال في تصريحات خاصة إنهم يصرون علي النص الذي وضعته لجنة نظام الحكم بأن تكون «نيابة مدنية تتولي الدعاوي المدنية والتجارية».
