سادت حالة من الانقسام داخل التيارات القبطية السياسية، حول ممثلي الكنائس المصرية الثلاث «الأرثوذكسية والكاثوليكية والإنجيلية»، داخل اللجنة الخمسين لتعديل الدستور، وغياب الشخصيات القبطية عن المشاركة، واعتبر المعارضون أن تشكيل لجنة الخمسين إهدار لحقوق الأقباط وقالت حركة "اتحاد شباب ماسبيرو" أن تشكيل لجنة الخمسين جاء مخيب للآمال القبطية، التي لم تتجوز نسبتهم 8%، وتم استبعاد الخبراء القانونيين والسياسيين الأقباط، وهذا يدل أن النظام الحالي، يسير على درب الأنظمة السابقة. واعترض الاتحاد على لسان مجدي صابر، نائب رئيس اللجنة الإعلامية، على تعيين الأنبا بولا، أسقف طنطا وتوابعها، ممثلا للكنيسة الأرثوذكسية، مؤكدة أن بولا، يوجد عليه علامات استفهام كثير، بعد مشاركته في الجمعية التأسيسية لوضع الدستورالمعطل. وطالب صابر مؤسسة الرئاسة بضرورة تمثيل التيارات القبطية داخل لجنة الخمسين لتعديل الدستور، حتى يتسنى للجنة وضع دستور يعبر عن كافة أطياف الشعب المصري. وفي السياق نفسه، أعرب القس إكرام لمعي، رئيس لجنة الإعلام والنشر بالكنيسة الإنجيلية، عن رفضه الأسماء التي تم ترشيحها بلجنة الخمسين لتعديل الدستور، موضحا أن اللجنة لا تصلح لأداء المهام المطلوبة لهذه المرحلة. أضاف لمعي أن أعضاء لجنة الخمسين من التيارات المدنية، ليسوا على الكفاءات المطلوبة، وسيوجهون مصاعب كثيرة على رأسها، عدم التوافق والانشقاقات، وقد يؤدي ذلك لعودة جماعة الإخوان المسلمين لصورة، ورسوب التيارات المدنية داخل الشعب المصري. وعلى الصعيد الآخر، أكد المفكر القبطي، جمال أسعد، عضو مجلس الشعب السابق، أن تشكيل لجنة الخمسين، ملائم، خاصة في ظل الأوضاع الراهنة، لافتا أن اللجنة تضم كافة أطياف الشعب المصري. أضاف أسعد، أن بالرغم السلبيات التي تحتويها لجنة الخمسين، يجب على الجميع التغاضي عنها، بسبب الظرف الراهن للبلاد، وعدم الدخول في دائرة الانشقاقات التي ستؤثر سلبياً على أداء اللجنة، وتؤدي لمزيد من الخسائر السياسية التي نحن في غنى عنها.