كشفت تحقيقات النيابة العامة السبب الحقيقي وراء مقتل سجناء أبو زعبل، حيث جاء في تقرير مفتش الصحة الذي ناظر جثث الضحايا ال37 المنتمين لجماعة الإخوان المسلمين والذين لقوا مصرعهم داخل سيارة الترحيلات أثناء نقلهم إلى سجن أبو زعبل، أن السبب الحقيقي وراء مصرعهم هو تعرضهم للخنق بالغاز، وذلك بعد ما ناظر الجثث، وهو ما ثبته تقرير الطب الشرعي أيضاً. وبذلك ثبت تورط قوات الأمن المصاحبة لسيارت الترحيلات التي كانت تقل الضحايا إلى مقر سجن أبو زعبل، كما نفت التحقيقات أن يكون قد صدر أي محاولات من أنصار الرئيس المعزول محمد مرسي لاعتداء على السيارة بالأسلحة النارية أو غيرها محاولة منهم للهروب. وكانت النيابة العامة برئاسة المستشار محمد عبد الصادق المحامي العام، قد استمعت إلى أقوال 30 شخصاً من بين شهود عيان حول الواقعة منهم شرطة وأفراد بسجن أبو زعبل ومأمورية ترحيلات قسم شرطة مصر الجديدة، وأمرت النيابة بسرعة إرسال تحريات المباحث حول الواقعة للكشف عن المتورطين فيها، كما ستعجلت أيضاً تقرير الطب الشرعي الخاص بتشريح جثث المجني عليهم لمعرفة السبب الحقيقي وراء وفاة الضحايا، وأمرت النيابة بالتحفظ على ضابط وفردى شرطة كانوا موجودين معه فى أثناء المأمورية، كما أمر باستكمال تحقيقات النيابة لكشف الأسباب وراء حقيقة تورطهم فى الحادث. جدير بالذكر أن 37 من أنصار الرئيس المعزول محمد مرسي قد لقوا مصرعهم داخل سيارة الترحيلات التي كانت تقلهم من قسم شرطة مصر الجديدة إلى سجن أبو زعبل، وكانت الشرطة قد اتهمتم بمحاولة الهرب وإطلاق أعيرة نارية من داخل السيارة.