وجه محمد غنيم، رئيس التيار الشيعي ، انتقادات واسعة لمشيخة الأزهر ودار الإفتاء باعتبارهما أهم مؤسستين للدين الإسلامي بمصر لموقفها المضاد للشيعة وهو ما يعتبر ضد حرية العقيدة التي كفلتها المواثيق الدولية. ورفض "غنيم" الإدعاءات التي قالها الدكتور علي جمعة مفتي الجمهورية بان الشيعة حرفوا القرآن، مطالبا بوجود دليل واحد علي كلامه وإخراج مصاحب الشيعة مما ذكره ، معتبرا إياها سلسلة من خطة الهجوم علي الشيعة والتي تتم بتخطيط وهابي سلفي يريد إشعال الفتن المذهبية في مصر.
من جانبه استنكر القيادي الشيعي سالم الصباغ، الاتهامات بوجود مد شيعي في مصر قائلا "الموجود مد وهابي وليس شيعي، رافضا الاتهام الذي وجهه الدكتور علي جمعة مفتي الجمهورية للشيعة، بأنهم حرفوا القرآن ، مطالبا الدكتور علي جمعه بتقديم الدلائل علي حديثه.
وقال الصباغ لمفتي الجمهورية: "يجيب مصحف لإيران ويشوفه.. إيران تستدعي سنويا علماء الأزهر ليقرءوا القرآن هناك وينظموا مسابقات لحفظ القرآن"، نافياً إدعاء المفتي بأن الأنبياء معصومون وآل البيت محفوظون، قائلا "المحفوظ هو نفسه المعصوم من الذنوب". مواد متعلقة: 1. محلل إسرائيلي: الربيع العربي سينتهى بالحرب بين السنة والشيعة 2. المفتي ل«الشيعة»: خططكم لن تفلح في مصر 3. «الشيعة»: ليس لنا متحدثا رسميا