قالت صحيفة "نيويورك تايمز"، إن تعيين السيسي السيدة فايزة أبو النجا مستشارة للأمن القومي في الرئاسة يؤكد تجاهله لمسألة تحالف مصر مع أمريكا، كما يثير الشكوك في الوقت ذاته حول طبيعة نشاط منظمات المجتمع المدني في مصر، مشيرة إلى أن أبو النجا قادت منذ عامين حملة اتهمت فيها منظمات المجتمع المدني بأنها تعمل كعملاء لصالح واشنطن. وأضافت الصحيفة الأمريكية، في سياق تقرير نشرته عبر موقعها الإلكتروني، اليوم الخميس، أن أبو النجا تسببت في أكبر أزمة في فترة التحالف بين مصر وأمريكا والتي استمرت ل35 عامًا، حيث أسفر اندلاع تلك الأزمة عن اضطرار نجل السفير الأمريكي للمكوث في مقر السفارة الأمريكية بالقاهرة لأسابيع خشية أن يُلقى القبض عليه. وأبرزت الصحيفة أقوال فايزة أبو النجا للنيابة بشأن قضية التمويل الأجنبي لمنظمات المجتمع المدني حيث قالت، "إن أمريكا وإسرائيل لم تتمكنا من خلق حالة من الفوضى في البلاد بشكل مباشر، فاستخدمتا الأموال وخصوصًا أمريكا لتحقيق أهدافها"، على خلفية هذه التصريحات أدانت النيابة العامة موظفي هذه المنظمات ومعهم عشرات المصريين بانتهاك قانون نادرًا ما يتم تطبيقه وهو الحصول على تمويل خارجي دون تصريح. وتابعت الصحيفة، عندما وصلت القضية إلى المحكمة هرب 16 أمريكيا متهما إلى خارج البلاد من ضمنهم، السيد لاحود، الذي حُكم عليه غيابيًّا، فيما حُكم على أعضاء المنظمات المدنية من المصريين بأحكام بالسجن مع إيقاف التنفيذ. واختتمت الصحيفة تقريرها بالتشديد على أن عودة أبو النجا للمشهد السياسي قد يشير إلى اعتزام الحكومة المصرية على اتخاذ إجراءات قمعية جديدة ضد منظمات المجتمع المدني، حيث حددت الحكومة يوم 10 نوفمبر كمهلة أخيرة لجميع المنظمات لتوفيق أوضاعها مع القانون، ما دفع الكثير من الحقوقيين إلى مغادرة البلاد خشية الاعتقال.