على الرغم من اعترافه بميوله الإسلامية، فقد نفى الخضيري - والذي جهر بمعارضته للنظام السابق عندما كان رئيسًا لنادي قضاة الإسكندري- أن يكون منتميًا لأي من التيارات الإسلامية، "لكن طريقة تفكيري وحياتي تتفق مع الإسلاميين لأني رجل مسلم وأعتقد أن العقيدة الإسلامية الصحيحة تجعلنا نتخذ قرارات صحيحة"- كما أكد فى تصريحاته لقناة "الجزيرة مباشر".. وتابع الخضيري:"أفكاري تتفق مع منهج الإسلاميين وعلاقتي طيبة ب "الإخوان المسلمين" وبالسلفيين ولكني حريص على استقلالي ولست مصنفا ولا تابعا لأي تيار أو حزب". واعتبر من جهة أخرى أن جميع ما تم خسارته في الفوضي الأخيرة لا يمكن مقارنته بما تخسره مصر في سنه واحدة من جراء تصديرها الغاز لإسرائيل. وقال إنه يتمنى أن يحاكم الرئيس المخلوع حسني مبارك ونظامه بالكامل أمام "محكمة الثورة" حتى "يتم القضاء على هذه الجذور كي نبدأ مرحلة البناء وكي نهدم القديم ونقوم بتنظيفه وتطهيره". وأبدى تحفظه على محاكمة مبارك أمام محكمة مدنية، وهو أمر قال إنه "فيه ريبة"، و"عدم انصاف للوطن"، مرجعًا تحفظه إلى أن المحاكمة ستطول "وقد يمر العام ولن تنتهي محاكمة مبارك". وقال: "علينا أن نستمر للنهاية، لكن نطلب من المجلس الأعلى أن يحسن اختيار من يتشاور معهم"، رافضا اختيار الفريق سامي عنان نائب رئيس المجلس العسكري لمستشارين من المحكمة الدستورية العليا خلال اجتماع الذي عقد في الأسبوع الماضي، قائلا: "ليس هذا مكانهم فكان عليه أن يستشير أساتذة القانون الدستوري". وتطرق الخضيري إلى قانون الانتخابات محذرا من أنه إذا لم يتم تعديله "سنجد المجلس القادم ملوثا بفلول الحزب الوطني"، واستنكر السماح لسبع أحزاب لفلول الحزب "الوطني "وتركهم يمارسون السياسة على أوسع أبوابها، وتساءل: "كيف يتم إلغاء الحزب الوطني ومن ثم السماح بإنشاء سبع أحزاب للوطني، فأي عدل هذا وكان يجب منعهم من ممارسة السياسة"؟. وحول نزول المشير محمد حسين طنطاوي رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة إلى الشارع ب "بدلة مدنية"، علق الخضيري بقوله: "سألوني هل معنى هذا أنه سيرشح نفسه فقلت لهم قد يكون ذلك وهذا من حقه كمواطن مصري، ولكن عليه أن يستقبل من منصبه ويرشح نفسه كمواطن عادي". وأكد الخضيري أن الناس تخاف من إطالة الفترة الانتقالية، لأن "الإطالة قد تجعل العسكر ينقضون على كرسي الرئاسة ويحدث ما لا يحمد عقباه، لأن الناس لن ترضى بذلك وكأننا نعود للخلف لا نتقدم". وأعرب عن تأييده للمظاهرات المليونية باعتبارها أداة ضغط على المجلس العسكري لتحقيق مطالب الثورة، والتي يرى أنها كسرت رهبة المصريين من "العسكر" والتي كانت موجودة إبان النظام السابق. وأضاف: "في عهد مبارك العسكر كانوا يسببون الرعب في نفوس الناس بينما الآن لم يعد يخاف منهم، وهذا راجع إلى الزخم الثوري الذي يشعر به الناس ولولا هذه المليونيات لما انتهى حكم مبارك ولولا المليونيات لما كان يحاكم الآن ولما عزل (أحمد) شفيق (رئيس الوزراء السابق) ولما حدث اشياء كثيرة جدًا ما كانت لتحدث بدون هذه المليونيات". غير أنه اشترط أن تكون المليونيات يوم الجمعة فقط "إذا استدعى الأمر ذلك وأن تكون من الساعة العاشرة صباحا حتى السادسة مساء وبدون فوضى أو تخريب أو قطع طرق"، وأشار إلى أنه لم يفوت أي مليونية وقال: "حضرت كل المليونيات التي مضت وأنا مع المليونية لأنها تحقق مطالب الثورة". في سياق آخر، انتقد الخضيري أداء المستشار محمد عبد العزيز الجندي وزير العدل، ورأى أنه "ليس الرجل المناسب لتطهير القضاء، وهناك أفضل منه ويكفي أنه ترك اللصوص ويحاكم الشرفاء من القضاة على هفوات"، على حد قوله. كما هاجم المستشار أحمد الزند رئيس نادي قضاة مصر، وقال إنه "لن يوافق على مشروع تطهير القضاء لأنه لم يأتيمن نادي القضاة وعليه أن يستقيل كرامة له، يكفي أنه من النظام البائد ولم يفعل شيئا للقضاء لأن نفسيته سيئة و"تعبانة" ولا يصلح لعهد ما بعد الثورة" . وفى شأن مختلف، أعرب المستشار محمود الخضيري نائب رئيس محكمة النقض الأسبق عن تأييده لتطبيق الشريعة الإسلامية في مصر، قائلاً إن تطبيقها لن يمس بحقوق الأقباط، واعتبرها "أكبر ضمانة لعدم المساس بحقوقهم"، مقللاً من المخاوف التي يثيرها البعض حول رفع شعارات إسلامية في المظاهرات المليونية بميدان التحرير مؤكدًا أنه لا خوف منها. وقال الخضيري في تعليق على الشعارات الإسلامية التى تنطلق من ميدان التحرير في المظاهرات المليونية "إنها لا تخيف أحدًا، ولا مساس بالأقباط حال تطبيق الشرع"، وطالب بالنزول على إرادة المصريين في تطبيق الشريعة،: "إذا كان الشعب يريد تطبيق الشريعة، فما المانع من ذلك"؟، مؤكدًا أن "الثورة قوية ولن ينال أحد منها، وعلينا جميعًا أن نكون يدًا واحدة".
