يستهل الزمالك رحلة ال 15 سنة للتتويج بلقب البطولة العربية في السابعة من مساء اليوم السبت بمباراته أمام القادسية الكويتي في استاد القوات المسلحة بمنطقة برج العرب بالإسكندرية ضمن منافسات ذهاب دور ال 32 من البطولة. ولم يكن الزمالك يُشارك في البطولات العربية حتى تصفيات نسخة 2000؛ حيث فاز على النصر السعودي بهدف نظيف سجله حسام حسن الوافد الجديد على القلعة البيضاء ولكنه كان الثاني له بقميص الأبيض وفي النهاية البطولة لم تكتمل. ليعود الزمالك للمشاركة مرة أخرى في البطولة العربية بنسخة موسم 2003 ليتوّج بها على حساب نظيره الكويت الكويتي بهدفين مقابل هدف في المباراة التي جمعتهما مساء يوم الأحد 20 يوليو 2003 ليضيفها بجوار درع الدوري وكان الزمالك قد وقع في المجموعة الثانية رفقة فرق الكويت الكويتي، اتحاد الجزائر، الجيش السوري والشرطة العراقي؛ حيث حل ثانياً في المجموعة بفارق نقطة عن الكويت المتصدر. ليفوز في دور نصف النهائي على نظيره الاتفاق السعودي بثلاثية مقابل هدف في الوقت الإضافي عقب انتهاء الوقت الأصلي بالتعادل بهدف لكل منهما، ليضرب موعداً في النهائي أمام الكويت الكويتي الذي فاز على الرجاء المغربي في ذات الدور بثلاثية نظيفة. ليُشارك في النسخة التالية من البطولة 2004 ولكنه حل في المركز الثالث بفوزه على الهلال السعودي بثلاثة أهداف مقابل هدفين سجلهما أحمد صالح في الدقيقة 7، بشير التابعي في الدقيقة 26 ومحمد صديق في الدقيقة 83. وكان الزمالك قد هُزم في دور نصف النهائي أمام الصفاقسي التونسي بهدفين نظيفين ذهاباً وبهدفين مقابل هدف إيجابياً، ليضرب الصفاقسي موعداً مع الإسماعيلي الذي فاز على الهلال السعودي ذهاباً هدفين نظيفين وإياباً بهدفين مقابل هدف. ولكن لم تكن الأمور جيدة بالنسبة له في نسخة 2005؛ حيث خرج من الدور الثاني من المجموعة بعدما حل ثالثاً بها برصيد 9 نقاط في مجموعة تصدرها الصفاقسي التونسي ب 13 نقطة وحل مولودية الجزائر ثانياً ب 10 نقاط ونذيلها الكويت الكويتي بنقطة. وفي نسخة 2006 خرج من دور ال 16 على حساب الرجاء المغربي الذي توّج في النهاية بالبطولة على حساب إنبي؛ حيث فاز الزمالك بهدفين نظيفين ذهاباً سجلهما مصطفى جعفر في الدقيقة 5 وعبد الحليم علي في الدقيقة 90، بينما هُزم إياباً بثلاثية نظيفة. ويبدو أن الفريق كان قد رتب أوراقه جيداً للعودة مرة أخرى للأدوار المتقدمة بالبطولة العربية ولكنه حل رابعاً في نسخة 2007 بعد تعادله ذهاباً أمام الفيصلي الأردني سلبياً وهزيمته بهدفين مقابل هدف على أرضه أياباً في دور نصف النهائي. ولم يُشارك الزمالك في نسختي 2008 و 2009 من البطولة العربية التي توقفت حتى عام عادت مرة أخرى موسم 2012/2013 ولكن الزمالك لم يُشارك بها أيضاً ثم توقفت لتعود القلعة البيضاء للمشاركة في البطولة العربية مع عودتها مؤخراً في موسم 2016/2017 ولكنه خرج من دور المجموعات بعدما حل ثالثاً برصيد 4 نقاط، في محموعة تصدرها الفتح الرباطي المغربي ب5 نقاط بفارق الأهداف عن العهد اللبناني الذي حل وصيفاً بذات الرصيد بينما تذيلها النصر السعودي بنقطة. ويبدأ الزمالك رحلته مُجدداً لتحقيق إنجاز النسخة الأولى من مشاركته في البطولة العربية 2003 والتي توّج بها منذ 15 عاماً.
