في جمعة الغضب ، الثامن والعشرين من يناير 2011 تم اقتحام عدد من السجون في البلاد، ومن بينها سجن وادي النطرون صاحب الصيت الأوسع كأحد المعتقلات السياسية، والذي جاء على أثره إطلاق سراح محمد مرسي، الرئيس السابق، و34 عضواً من قيادات جماعة الإخوان المسلمين كانت محبوسة به، بالإضافة إلى عناصر من حركة حماس الفلسطينية، وحزب الله اللبناني. الأحد 10 فبراير 2013 فتح التحقيقات في هروب السجناء من سجن وادى النطرون، إبان الثورة، وتقديم مصلحة السجون بوزارة الداخلية، تقريراً حول اقتحام وفتح السجن وهروب المحتجزين، ومنهم الدكتور محمد مرسي، الرئيس السابق، وقيادات إخوانية بارزة أيضًا. الأحد 3 مارس 2013 اللواء عصام القوصي، المأمور السابق لسجن ليمان 430، بوادي النطرون، يدلي بشهادته، أمام محكمة جنح مستأنف الإسماعيلية، بأن أعراباً ملثمين مدججين بالأسلحة الآلية اقتحموا السجن، وأخرجوا المساجين المنتمين للإخوان وتنظيم الجهاد. الأحد 31 مارس 2013 النيابة تمتنع عن إحضار الشهود، ومصادر قضائية مقربة من القاضي تكشف عن تعرضه لضغوط من ''جهات عليا في البلاد'' لإنهاء القضية، والقاضي يلزم النيابة بإخطار اللواء محمد ناجي، مساعد وزير الداخلية لقطاع السجون، لحضور الجلسة مع إحضار كشف بأسماء كل المساجين الذين هربوا. الأحد 28 أبريل 2013 اللواء عبد الخالق ناصر، مأمور سجن ملحق وادى النطرون السابق، يكشف أمام محكمة جنح الإسماعيلية عن اقتحام السجن من قبل 80 مسلحا فجر 30 يناير 2011، قطعوا الكهرباء عن العنابر، وتمكنوا من تهريب السجناء. في فجر يوم 30 يناير وصل إلى السجن المئات من السيارات المحملة بالمسلحين الذين أطلقوا الأعيرة النارية بطريقة عشوائية على قوات التأمين التي تبادلت معهم إطلاق النار. 12 مايو 2013 أكد المقدم أحمد عبد الفتاح ،رئيس مباحث سجن 2 بمنطقة سجون وادى النطرون، أثناء شهادته أمام محكمة مستأنف الإسماعيلية , '' أن قيادات الإخوان أتوا إلى السجن فى الساعة الخامسة مساء، بخطاب موجه من نيابة أمن الدولة ب6 أكتوبر دون خطاب الاعتقال يوم 27 يناير بعد احتجاجات 25 يناير 2011''. ونفى عبد الفتاح استهداف مهاجمي السجن ليلة 30 يناير لتهريب مسجونين بعينهم، لأن عنابر السجن تضم مسجونين في قضايا سياسية من تيارات الجماعات الإسلامية والسلفية الجهادية والتكفير والهجرة، وزادوا بأعضاء جماعة الإخوان المسلمين. الخميس 2 مايو 2013 مصادر أمنية وقضائية تكشف عن أن جهات أمنية وسيادية سلمت تقارير عن أحداث سجن وادى النطرون، تضمنت 7 صفحات تروى من خلال شهادات ضباط ومسؤولين في وزارة الداخلية ما حدث من اقتحام للسجن، وأرجع التقرير اقتحام السجون إلى وصول 60 سيارة نصف نقل و3 لوادر كبيرة الحجم و2 صغيرة. السبت 22 يونيو 2013 اشتباكات عنيفة بين القوى الثورية وعدد من أعضاء جماعة الإخوان المسلمين، بالإسماعيلية عقب النطق بقرار حجز القضية للحكم لليوم التالي، وتدخل قوات الأمن لفض الاشتباكات، ما أسفر عن إصابة العشرات، ومن بينهم ضابط شرطة وبعض الجنود ومواطنون من الطرفين. الأحد 23 يونيو 2013 محكمة جنح مستأنف الإسماعيلية تقضي ببراءة السيد عطية، المتهم في القضية، وإحالة الأوراق للنيابة العامة لاتخاذ الاجراءات، كما قررت المحكمة مخاطبة الإنتربول للقبض على كل من سامي شهاب، القيادي ب''حزب الله''، والقياديين في حركة ''حماس'' محمد الهادي، وأيمن نوفل، ورمزي موافي. الخميس 11 يوليو 2013 سلم المستشار خالد محجوب رئيس محكمة جنح مستأنف الإسماعيلية، النيابة العامة ملف قضية هرب السجناء من سجن وادي النطرون الذي احتوى على صندوقا كرتونيا كبير الحجم مغلفا من الخارج يحتوي على كمية من المستندات والأوراق الخاصة بهروب سجناء وادي النطرون، وملف التحقيقات التي تمت في القضية وتقارير الأجهزة الأمنية حول المتورطين في اقتحام السجون.. وفي اليوم ذاته أحال النائب العام، هشام بركات، ملف قضية هروب سجناء وادي النطرون إبان ثورة 25 يناير 2011 -وبينهم الرئيس المعزول محمد مرسي- إلى نيابة أمن الدولة العليا للتحقيق.
