بأدائه اليمين الدستورية وزيرًا للدفاع والإنتاج الحربي أمام الرئيس محمد مرسي، الأحد، أصبح الفريق أول عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع الرابع والأربعين، منذ الوزير أحمد عرابي، ليبدأ عدد لا نهائي من الأسئلة حول شخصية الرجل وتاريخه وعلاقته بجماعة الإخوان المسلمين، وبالرئيس مرسي، التي جعلته يأتمنه على هذا المنصب الرفيع، خاصة على خلفية حالة التوتر التي شابت العلاقة بين مؤسسة الرئاسة والمجلس العسكري. شغل السيسي منصب مدير المخابرات الحربية، وعندما اندلعت ثورة يناير، وأعلن المجلس الأعلى للقوات المسلحة انعقاده قبل تنحي مبارك بيوم واحد، ظهر اسمه للمرة الأولى، كأحد أعضاء هذا المجلس. تسلم السيسي برفقة زملائه أعضاء المجلس الأعلى للقوات المسلحة، السلطة في مصر بتكليف من مبارك، ولكنه لم يكن كبقية زملائه كثيري الحديث مع الإعلام. ولم يبدُ له أثر ولم تتناوله الصحف ووسائل الإعلام سوى مرتين اثنتين. عداهما، لم يستطع حتى محرك بحث جوجل رصد أي معلومات عن الرجل. نادرًا ما اعترف مسؤولو القوات المسلحة بإجراء كشوف العذرية على المعتقلات في المتحف المصري، في مارس 2011. وبينما اتهمت منظمات حقوقية دولية، ونشطاء، الجيش بإجراء هذه الكشوف على المعتقلات، أنكر كل قادة الجيش إجراءها، حتى ظهر اللواء عبد الفتاح السيسي، حيث أكد في تصريحات نقلتها عنه هيئة الإذاعة البريطانية «بي.بي.سي»، ومنظمة «هيومان رايتس ووتش»، أن القوات المسلحة أجرت بالفعل هذه الكشوف، وأنها مبررة، لحماية الفتيات من الاغتصاب، ولحماية جنود الجيش من اتهامهم باغتصاب هؤلاء الفتيات، ثم سكت اللواء بعدها. لاحقًا عاد قادة القوات المسلحة لإنكار هذه الممارسة التي اعتبرتها المنظمات الدولية انتهاكًا لحقوق الإنسان، إلى أن حكمت المحكمة العسكرية ببراءة الضابط المتهم بإجراء هذه الكشوف، في القضية الشهيرة التي رفعتها الناشطة سميرة إبراهيم. توارى اللواء السيسي تماما بعد هذه الواقعة، إلى أن ظهر اسمه مجددًا مع جولة الإعادة في الانتخابات الرئاسية، بين الرئيس محمد مرسي، والمرشح الخاسر أحمد شفيق، وقتها، ظهر توفيق عكاشة على قناته «الفراعين»، وقال إن لجماعة الإخوان المسلمين أطماعًا للسيطرة على القوات المسلحة، من خلال رجلهم في الجيش، اللواء عبد الفتاح السيسي. ولم يقدم «عكاشة» مزيدًا من التفاصيل، حول علاقة «السيسي» بالجماعة، وعاد إلى التواري، كعادته، مفضلاً ممارسة عمله، كرجل مخابرات، في الخفاء دونما ضجة إعلامية، حتى فجّر الرئيس مرسي المفاجأة، وعيّنه وزيرًا للدفاع والإنتاج الحربي خلفًا للمشير حسين طنطاوي.
