يعتبر اقالة الدكتور خالد علم الدين مستشار رئيس الجمهورية بداية لشرخ فى العلاقة بين السلفين والاخوان وانها سوف تفسر باكثر من شئ وتطلع بنتائج غير مرغوبة خصوصا فى الوقت الحالى خصوصا أن حزب النور الذي ينتمي له الدكتور علم الدين له مكانته و شعبيته ، و قد اتضح من خلال ما حدث مباشرة بعد تردد خبر الاقالة و الاتجاه الذي من شأن الموضوع أن يأخذه . رئاسة الجمهورية و محاولة منها أن تعطي الموضوع حجما أقل من الذي أخذه ، خصوصا أن حزب النور ظل لفترة طويلة حليفا استراتيجيا لجماعة الاخوان المسلمين و حزبها و كذلك رئيس الجمهورية الدكتور محمد مرسي ، لذالك قررت رئاسة الجمهورية فى بيان صحفى لها نشرتة على الصفحة الرسمية لها البيان الاتى في إطار ما أثير حول إعفاء السيد الدكتور خالد علم الدين من منصبه كمستشارٍ لرئيس الجمهورية لشئون البيئة:- 1- تؤكد رئاسة الجمهورية أن إعفاء السيد المستشار من منصبه تم يوم الأحد الموافق 17 فبراير 2013 م. 2- تذكر الرئاسة بأن جميع السادة المستشارين يحتفظون بحقهم في الاستقالة من منصبهم وفقاً لتقديرهم الشخصي للمصلحة الوطنية (وقد حدث ذلك بالفعل من قبل بعض السادة المستشارين السابقين وكان موضع احترام الرئاسة في كل مرة)، وفي المقابل: فإن إعفاء أيٍ من السادة المستشارين كذلك هو قرار تتخذه مؤسسة الرئاسة بحسب تقديرها للمصلحة الوطنية وليس مرتبطا بشكل مباشر بأي تحقيقات أو اتهامات تنأى مؤسسة الرئاسة عن الخوض فيها (ونأمل أن يكون تقدير الرئاسة موضع احترام وطني كذلك). 3- وتشير رئاسة الجمهورية إلى أن قرار إعفاء السيد المستشار د/ خالد علم الدين جاء بناءً على ما توافر لديها من معلومات، رأت معها استحالة استمراره في أداء دوره حفاظًا على المكانة التي تتمتع بها مؤسسة الرئاسة. 4- كما تؤكد رئاسة الجمهورية أن قرار إعفاء السيد المستشار د/ خالد علم الدين يتعلق بشخصه، ولا علاقة له من قريب أو بعيد بانتمائه الحزبي. 5- وأخيرا فإن مؤسسة الرئاسة تؤكد احترامها وتقديرها لكافة الأحزاب وما تقوم به من أدوار في إثراء الحياة السياسية المصرية وفي القلب منها حزب النور الذي يمثل فصيلاً وطنياً له حضوره السياسي الفعال.
