اتخذ الرئيس محمد مرسي منذ توليه الرئاسة عددًا من قرارات الإقالة الحاسمة، يأتي علي رأسها قرار إقالة المشير محمد حسين طنطاوي والفريق سامي عنان. ومن قبل هذا القرار، جاء قرار مرسي بإقالة رئيس جهاز المخابرات العامة اللواء مراد موافي وقائد الحرس الجمهوري وقائد الشرطة العسكرية ومحافظ شمال سيناء، في أعقاب هجوم رفح الذي أودى بحياة 16 عسكريا مصريا، إلا أنه يبقى هو القرار الأكثر خطورة منذ تولى مرسي مهام منصبه. ويبدو أن ردود الأفعال التي رحبت بشدة بقرارات الرئيس مرسي السابقة، والدعم السياسي من القوى السياسية والثورية، بل ومن رجل الشارع العادي، دفعه لاتخاذ القرار الأكبر والخطوة الأجرأ بإقالة طنطاوي وعنان. وإن اختلفت التحليلات حول ما إن كانت إقالة طنطاوي وعنان قد تمت بتشاور معهما ومع المجلس العسكري أم لا، فإن توقيت القرار -الذي جاء في أعقاب عملية رفح التي رأى كثيرون أنها تمثل أول اختبار لمرسي ربما يجد صعوبة في التعامل معه- كشف أن مرسي استطاع أن يستثمر هجوم رفح لصالح تثبيت أقدامه على رأس الدولة. واستمرت سيناء القاسم المشترك في قرارات الإقالة التي أصدرها الرئيس محمد مرسي, حيث كانت عملية رفح السبب أيضا في إقالة رئيس المخابرات العامة و محافظ شمال سيناء وقيل وقتها: إنه تقرر إحالة اللواء مراد موافي، رئيس المخابرات العامة للمعاش ، وكذلك إقالة محافظ شمال سيناء عبدالوهاب مبروك من منصبه. وأصدر د. مرسي قرارًا بتعيين اللواء محمد رأفت عبدالواحد شحاته قائمًا بأعمال رئيس جهاز المخابرات العامة. وشملت القرارات تعيين اللواء محمد أحمد زكي قائداً للحرس الجمهوري المسئول عن حماية الرئيس، والسفير محمد رفاعة الطهطاوي مديراً لديوان رئيس الجمهورية. وقتها كلف الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية المشير حسين طنطاوي بتعيين قائد جديد للشرطة العسكرية خلفاً للواء حمدي بدين. و كلّف وزير الداخلية اللواء أحمد جمال الدين بتعيين ماجد مصطفى كامل نوح مساعداً لوزير الداخلية لقطاع الأمن المركزي، واللواء أسامة محمد الصغير، مساعداً لوزير الداخلية مديراً لقطاع أمن القاهرة. وكانت هذه أكبر حركة تغييرات في المناصب العليا في الدولة منذ تولي د. مرسي مهام منصبه في 30 يونيو الماضي. اللواء مراد موافي، الذي تمت إقالته في هذا التوقيت كان قد أعلن أن "جهاز المخابرات كانت لديه معلومات عن وجود تهديدات بهجوم إرهابي يستهدف وحدات في سيناء قبيل وقوع حادث سيناء" مضيفا أن "هذه المعلومات لم تشر إلى مكان أو توقيت الهجوم وأكد موافى أن المخابرات العامة أبلغت الجهات المعنية بهذه المعلومات، وأنها جهاز تجميع وتحليل معلومات وليس جهة تنفيذية أو قتالية، وأن مهمته تنتهى عند إبلاغ المعلومات للمعنيين بها من أجهزة الدولة. ولم تقتصر قرارت الإقالات التى اتخذها مرسي علي المؤسسة العسكرية والأمنية فقط -وإن كان نالهاالجزءالأكبر منها- لكن طالت القطاع الاقتصادي والقضائي، مما أفزع العديد من القوي والتيارات السياسية، التى اعتبرت أن الإخوان المسلمين بدأت سياسةالإقصاء علي شكل إقالات. كان قرار تعيين المستشار هشام أحمد فؤاد جنينة رئيساً للجهاز المركزي للمحاسبات لمدة أربع سنوات وبدرجة وزير، فى هذا المنصب الذى ظل شاغرًا منذ استقالة الدكتور جودت الملط في مارس 2011، وكانت منيرة أحمد تتولى منصب القائم بأعماله حتى صدور القرار الجديد. كما أصدر مرسي قراراً آخر يقضي بنقل تبعية الهيئة العامة للاستعلامات إلى رئاسة الجمهورية، وهي إحدى الجهات ذات الطبيعة الخاصة في الجهاز الإداري المصري. وجاءت هذه القرارت بعد أقل من يومين من إقالة رئيس هيئة الرقابة الإدارية وذلك في إطار خطة الرئيس مرسي لإجراء عملية تطهير واسعة في الجهاز الإداري المصري، حيث يعتبر جهازا "الرقابة الإدارية" و"الجهاز المركزي للمحاسبات" من أهم الهيئات الرقابية على الفساد المالي والإداري في مصر. وكان أعضاء بالجهاز المركزي للمحاسبات قد اتهموا في بلاغات رسمية للنائب العام الرئيس السابق للجهاز المركزي للمحاسبات، جودت الملط، بالتستر على فساد رموز من النظام السابق وقدموا مستندات على ذلك. ونقلت الصفحة الرسمية لحزب الحرية والعدالة على موقع التواصل الاجتماعى فيسبوك -وقتها- تصريحات للدكتور محمد البلتاجى، القيادى الإخوانى، حول قرار الرئيس محمد مرسى إقالة رئيس هيئة الرقابة الإدارية محمد فريد التهامى، والتى علق عليها بأنها صفحة جديدة من صفحات التغيير. ومن أهم قرارات الإقالة، التي كانت سببًا مباشرًا في الصدام مع السلطة القضائية، قرار إقالة النائب العام عبد المجيد محمود، برغم أن قرار إقالة النائب العام هو في الأساس كان أهم مطالب ثورة يناير، إلا أن هاجس استحواذ الإخوان علي مقاليد الحكم والسيطرة علي كل المؤسسات كان حاضرًا في أذهان التيارات السياسية التي انحازت للقضاة ووقفت معهم ضد قرار الرئيس مرسي الذي لم يجد مخرجا غير العدول عن هذا القرار.