بند رقم9 من الوثيقة يمنع مناقشة ميزانية الجيش في البرلمان وينص على وضعها رقم واحد في الموازنة العامة. يتم اختيار 80 عضوا من الجمعية التأسيسية لوضع الدستور من خارج مجلس الشعب.. والحد الأقصى لمشاركة الأحزاب والكتل 5 أعضاء إذا لم تنته الجمعية التأسيسية من الدستور خلال 6 شهور يختار العسكري جمعية جديدة بحريته لوضع الدستور خلال 3 شهور للمجلس العسكري حق طلب إعادة النظر في مواد مشروع الدستور إذا تضمن نصا يتعارض مع مقومات الدولة والمجتمع والحقوق والحريات العامة ننشر النصوص التي أثارت الجدل في وثيقة السلمي للمبادئ الدستورية .. ففيما بدأت الوثيقة بنص مطمئن ينص على أن" الشعب هو مصدر السلطات و لا ينبغي بأي حال من الأحوال المصادرة علي إرادته بوضع مبادئ فوق دستورية لا تتغير و دونما الحاجة الي إعلان دستوري بشأنها او غيره حيث تكفي إرادة الشعب" فإن كثير من النصوص جاءت لتخالف هذا النص وتفرض حصانة على جهات بل وتضع سلطتها فوق سلطة الشعب نفسه.. جاء البند رقم ? من الوثيقة ليضفي حصانة خاصة على القوات المسلحة وميزانيتها بدعوى حماية الأمن القومي وهو ما اثار جدلا واعتراضات كبيرة بين الأحزاب حيث نص البند على: "يختص المجلس الأعلي للقوات المسلحة دون غيره بالنظر في كل ما يتعلق بالشئون الخاصة بالقوات المسلحة و مناقشة بنود ميزانيتها علي ان يتم إدراجها رقم واحد في موازنة الدولة كما يختص دون غيره بالموافقة علي اي تشريع يتعلق بالقوات المسلحة قبل اصداره". فيما نص البند رقم ?? على " ينشأ مجلس يسمي مجلس الدفاع الوطني يتولي رئيس الجمهورية رئاسته و يختص بالنظر في الشئون الخاصة بوسائل تأمين البلاد و سلامتها و يبين القانون اختصاصاته الأخرى. وجاءت معايير تشكيل الجمعية التأسيسية لوضع الدستور لتثير الكثير من الجدل وتضع الكثير من علامات الاستفهام حول نوايا القوات المسلحة حول مستقبل البلاد فطبقا للنصوص جاءت المعايير كالتالي : اختيار ثمانين عضوا من خارج مجلس الشعب والشوري النسبة الباقية يتم اختيارها من مجلس الشعب بأحد أقصي خمس أعضاء للحزب او الكتلة البرلمانية و حد ادني شخص. و جاء نص البند الثاني كالأتي : إذا تضمن مشروع الدستور الذي أعدته الجمعية التأسيسية نصا أو أكثر يتعارض مع المقومات الأساسية للدولة و المجتمع المصري والحقوق والحريات العامة التي استقرت عليها الدساتير المصرية المتعاقبة بما فيها الإعلان الدستوري الصادر في ?? مارس ???? والإعلانات الدستورية التالية له، يطلب المجلس الأعلى للقوات المسلحة بما له من سلطات رئيس الجمهورية في المرحلة الانتقالية من الجمعية التأسيسية إعادة النظر في هذه النصوص خلال مدة أقصاها خمسة عشر يوما فإذا لم توافق الجمعية، كان للمجلس أن يعرض الأمر علي المحكمة الدستورية العليا علي أن تصدر المحكمة قرارها في شانه خلال سبعة أيام من تاريخ عرض الأمر عليها، و يكون القرار الصادر من المحكمة الدستورية العليا ملزما للكافة وجميع سلطات الدولة وحول الجمعية التأسيسية نصت الوثيقة على " إذا لم تنتهي الجمعية التأسيسية من إعداد مشروع الدستور خلال الستة أشهر المنصوص عليها في الإعلان الدستوري لاي سبب من الأسباب ، يكون للمجلس الاعلي للقوات المسلحة بما له من سلطات رئيس الجمهورية - تشكيل جمعية تأسيسية جديدة وفقا للمعايير المتوافق عليها لإعداد مشروع الدستور خلال ثلاثة أشهر من تاريخ تشكيلها و يعرض المشروع علي الشعب لاستفتائه عليه خلال خمسة عشر يوما من تاريخ الانتهاء من إعداد هذا المشروع. و اعتبرت الأحزاب المشاركة في الاجتماع تلك النصوص تعبير عن تدخل واضح للمجلس العسكري في وضع الدستور و الالتفاف علي إرادة الشعب المصري.
