اتهمت الحركة الشعبية لتحرير السودان -وهي الحزب الرئيسي في جنوب السودان- الشمال بحشد قوات في ولاية النيل الازرق الحدودية البالغة الحساسية اثناء فرز الاصوات في ذروة الانتخابات العامة. وكانت ولاية النيل الازرق مسرحا لحرب اهلية في عام 2005 بين شمال البلاد وجنوبها ومازالت بؤرة توتر محتملة مع تحرك البلد المنتج للنفط عبر الانتخابات نحو استفتاء عام 2011 بشأن استقلال الجنوب.واجريت الانتخابات بموجب اتفاق سلام 2005 الذي أنهى الصراع وكان يفترض ان يساعد في عودة البلاد الى الديمقراطية.وقال مصدر في الشرطة السودانية انهم زادوا من أعداد قوات الامن قبل اعلان النتائج. وقال المصدر "انهم ينفذون الخطة الامنية التي أعدت قبل الانتخابات. وهذه اجراءات عادية."ونفى حزب المؤتمر الوطني الذي يهيمن على شمال السودان الاتهامات بشأن تحركات القوات في النيل الازرق ووصفها بأنها كاذبة تماما ولم يتوفر على الفور تعقيب من جيش السودان.