انضمت منظمة العفو الدولية إلى مجموعات حقوق الإنسان البارزة الأخرى وقالت إن "نظام القمع والسيطرة الإسرائيلي على الفلسطينيين، يرقى إلى التعريف الدولي للفصل العنصري". وقد أثار التقرير على الفور غضبا بين السياسيين الإسرائيليين الذين دعوا إلى سحبه، بحسب تقرير نشرته صحيفة الجارديان. وكان بينهم وزير خارجية الاحتلال يائير لابيد، الذي رفض التقرير باعتباره منفصلا عن الواقع قائلا "تنقل منظمة العفو الدولية أكاذيب بثتها المنظمات الإرهابية". كما اتهم لابيد المنظمة بمعاداة السامية وقال "أكره أن أستخدم حجة مفادها أنه إذا لم تكن إسرائيل دولة يهودية، فلا أحد في منظمة العفو قد يجرؤ على الاحتجاج ضدها، ولكن في هذه الحالة، لا توجد إمكانية أخرى". إلا أن السلطة الفلسطينية رحبت بهذا التقرير وقالت إنها "تأمل في أن يفتح الطريق أمام محاكمة إسرائيل أمام المحكمة الجنائية الدولية". قالت وزارة الشؤون الخارجية في السلطة الفلسطينية "ترحب دولة فلسطين بتقرير منظمة العفو الدولية حول نظام الفصل العنصري والسياسات والممارسات العنصرية ضد الشعب الفلسطيني". ودعت منظمة العفو الدولية الولاياتالمتحدةالأمريكية والاتحاد الأوروبي والدول الأعضاء والمملكة المتحدة، وأيضا الدول التي هي بصدد تعزيز علاقاتها مثل بعض الدول العربية والأفريقية ، إلى الاعتراف بأن إسرائيل ترتكب جريمة الفصل العنصري وغيرها من الجرائم الدولية. وطلب إلى البلدان استخدام جميع الوسائل السياسية والدبلوماسية، لضمان قيام السلطات الإسرائيلية بتنفيذ التوصيات الواردة في هذا التقرير، واستعراض أي تعاون أو أنشطة مع إسرائيل لضمان ألا تسهم في الحفاظ على نظام الفصل العنصري. والتقرير المكون من 278 صفحة، والذي جمعته منظمة حقوق الإنسان التي تتخذ من لندن مقرا لها على مدار أربعة أعوام، يعني أن منظمة العفو الدولية انضمت إلى صفوف هيومن رايتس ووتش ومنظمة حقوق الإنسان الإسرائيلية بتسيلم، اللتين اتهمتا إسرائيل أيضا بممارسة سياسة الفصل العنصري في العام الماضي. وقد علقت الأمينة العامة لمنظمة العفو الدولية؛ أنييس كالامار، على ذلك التقرير موضحة أنه "سواء كانوا يعيشون في غزة، القدسالشرقية و باقي مناطق الضفة الغربية، أو حتى في إسرائيل نفسها، فإن الفلسطينيين يعاملون كمجموعة عرقية أقل شأنا و يحرمون بشكل منهجي من حقوقهم" و ذلك في أثناء تقديمها لتلك التقارير، حيث أنها رفضت الإدعاءات القائلة بمعاداة السامية ،وإن سياسات إسرائيل القاسية المتمثلة في الفصل والسلب والإقصاء في جميع الأراضي الواقعة تحت سيطرتها ترقى بوضوح إلى الفصل العنصري". وفي حين أن الجزء الأكبر من ادعاءات الفصل العنصري الإسرائيلي، قد ركز في الماضي على الأوضاع في المناطق الفلسطينية التي احتلتها إسرائيل خلال حرب الأيام الستة في عام 1967، بما في ذلك الضفة الغربية، حيث توجد أنظمة مزدوجة للحقوق والإدارات القانونية للفلسطينيين والمستوطنين اليهود، فإن مزاعم الفصل العنصري داخل إسرائيل أكثر إثارة للجدل. وقبل عام، تعرضت منظمة بتسيلم لانتقادات من سياسيين إسرائيليين، عندما أكدت أن السياسات الإسرائيلية، قد صممت لإنفاذ السيادة اليهودية من نهر الأردن إلى البحر الأبيض المتوسط. وكانت منظمة هيومن رايتس ووتش التي تتخذ من نيويورك مقرا لها، قد أصبحت في أبريل من العام الماضي أول مجموعة حقوقية دولية مهمة تصنف علنا مزاعم الفصل العنصري، كجزء من حركة دولية متنامية لإعادة تعريف النزاع الإسرائيلي الفلسطيني على أنه صراع من أجل حقوق متساوية وليس نزاعا على الأرض. وقد اكتسبت هذه الجهود قوة في العقد الماضي منذ توقف عملية السلام، حيث عززت إسرائيل سيطرتها على الأراضي المحتلة وحطمت الآمال في فكرة إقامة دولة فلسطينية. وترفض إسرائيل أي إدعاء بالفصل العنصري وتصر على أن مواطنيها العرب يتمتعون بحقوق متساوية. وما يزيد المسألة تعقيدا، هو مختلف تجارب الفلسطينيين في الأراضي المحتلة مقارنة بالمواطنين الفلسطينيين في دولة الاحتلال. وفي حين كان الفلسطينيون الذين بقوا داخل الأراضي المحتلة يعيشون تحت الحكم العسكري حتى فترة قصيرة قبل حرب عام 1967، فإن هؤلاء الفلسطينيين الآن يتمتعون بالجنسية، بما في ذلك الحق في التصويت، ولكنهم لا يزالون يواجهون تمييزا واسع النطاق في مجالات مثل أسواق العمل والإسكان. فالفلسطينيون في الضفة الغربية يعيشون – على الرغم من درجة من الاستقلال السياسي – في ظل الحكم العسكري الإسرائيلي، الذي يشمل التعرض لنظام القضاء العسكري الإسرائيلي، في حين أن المستوطنين اليهود في الضفة الغربية يتم التعامل معهم بموجب القانون المدني الإسرائيلي. ومن جانبهم، فإن أولئك الذين يعيشون في قطاع غزة الذي تحكمه حماس والذي انسحبت منه دولة الاحتلال في عام 2005 مع الاحتفاظ بسيطرة محكمة على الحدود البرية والبحرية يواجهون أيضا حصارا إسرائيليا ومصريا خانقا.
