تسبب إغلاق سلطات الانقلاب لمعبر رفح في منع وصول إمدادات طبية ومساعدات للقطاع ومنع سفر الآلاف من سكان غزة ومرضى يسعون للعلاج في الخارج. أيضا والمعبر مغلق أمام حركة التنقل العادية منذ 46 يوما متصلة. معاناة المرضى وكان قد صرح فوزي برهوم -المتحدث باسم حركة حماس- في تصريح صحفي "إصرار السلطات المصرية على إغلاق معبر رفح وإحكام حصار غزة ومنع دخول الوقود والدواء والمساعدات دون أي مبرر وحرمان آلاف المرضى والحالات الإنسانية من التنقل والسفر والعلاج يمثل جريمة ضد الإنسانية بكل المعايير والمقاييس". وقال إن "استمرار هذا الحصار وإغلاق المعبر والذي يتزامن مع ما يقوم به العدو الإسرائيلي من تصعيد وعدوان وحصار ينبئ بمخاطر شديدة ستطال كل مناحي الحياة الإنسانية والاقتصادية والصحية والبيئية".
وتوفيت حالات عديدة منها وفاة الطفل "أحمد أبو عمار النحل" صاحب الثلاث سنوات لفشل ذويه في نقله إلى الخارج نتيجة إغلاق المعبر ليتلقى العلاج من تضخم في الكبد والقلب. و"عيش المرأة الفلسطينية في ظل ظروف صعبة لتشديد الحصار وإغلاق المعابر. وفي وقت سابق دعت اللجنة الوطنية لكسر الحصار عن غزة إلى اعتراف مصر بالمسئولية القانونية والأخلاقية تجاه الفلسطينيين المحاصرين بقطاع غزة منذ استمرار غلق المعبر. نفاذ أدوية ومستلزمات طبية وكانت وزارة الصحة في حكومة قطاع غزة قد أعلنت في 16 مارس الجاري نفاذ ما نسبته 30% من الأدوية والمستلزمات الطبية الأساسية؛ بسبب الإغلاق المتواصل لمعبر رفح على الحدود مع مصر. وقال مفيد المخللاتي -وزير الصحة- خلال مؤتمر صحفي: إن "إغلاق معبر رفح بشكل شبه دائم، تسبب في نفاد 145 نوعًا من الأدوية والمستلزمات الطبية الأساسية التي تشكل 30% من القائمة الأساسية". وإن إغلاق المعبر تسبب في حرمان ما يقارب من 450 حالة مرضية من العلاج، حيث كان يتم تحويلها للعلاج إلى المستشفيات المصرية، لافتا إلى أن ثلاثة مرضى على الأقل لقوا حتفهم منذ تشديد الحصار، وإغلاق معبر رفح منذ أكثر من 9 أشهر.
مشيرا إلى أن إغلاق المعبر تسبب كذلك في حرمان القطاع الصحي من وصول الوفود الطبية المتخصصة للقطاع، مناشدا المجتمع الدولي، وكافة منظمات حقوق الإنسان، والصليب الأحمر، بالضغط على الاحتلال لرفع الحصار، والسماح بحرية التنقل وإدخال الأدوية ومواد البناء الأساسية اللازمة. وطالب السلطات المصرية برفع المعاناة عن الشعب الفلسطيني، وفتح معبر رفح البرى، باعتباره معبرًا فلسطينيًا مصريًا في كلا الاتجاهين. خسائر اقتصادية فادحة صرح حاتم عويضة -وكيل وزارة الاقتصاد في حكومة حماس- في لقاء صحفي نهاية أكتوبر 2013: "إن إغلاق الأنفاق تسبب بخسائر فادحة على قطاعات الصناعة والتجارة والزراعة والنقل والبناء، بلغت 230 مليون دولار شهريا تقريبا"، مشيرا إلى أن اقتصاد غزة كان يعتمد على الأنفاق بنسبة لا تقل عن 40% لسد الاحتياجات من مواد إنشائية وخام ومستلزمات إنتاج. ونبه إلى أن "معدل البطالة عاد إلى ما كان عليه عام 2008" وأن "التوقعات تشير إلى وصوله ل43% في حال استمر إغلاق المعابر الرسمية وتدمير الأنفاق".
وذكر أن الإيرادات العامة شهدت تراجعًا بعد إغلاق الإنفاق وتشديد الحصار في النصف الثاني من عام 2013، وأن هذه الأوضاع ستؤثر سلبًا على التوظيف وبرامج التشغيل المؤقت التي تنفذها الحكومة. ونبه وزير الاقتصاد في حكومة حماس علاء الرفاتي في أكتوبر 2013 إلى أن الجيش المصري دمر قرابة 90% من الأنفاق، وأن تلك النسبة المتبقية لا تعمل بطاقتها الكاملة!