عاد فريق طنطا للمشاركة في الدوري الممتاز بعد غياب دام 10 أعوام تقريبا منذ ظهوره الأخير مع الكبار بعد أن خطف بطاقة التأهل من ألعاب دمنهور. طنطا كان أحد أبرز فرق الممتاز ب هذا الموسم وكان أول من حسم الصعود للمباراة الفاصلة من المجموعات الست هذا الموسم. وفي المباراة الفاصلة نجح في تحقيق الفوز على ملعبه بهدف أمام ألعاب دمنهور ثم تعادلا على ملعب الأخير ليحسم الفريق التأهل للممتاز ويعود من جديد. فكيف كان الظهور الأخير لطنطا في الدوري الممتاز؟ طنطا صعد في المرة الأخيرة للدوري الممتاز موسم 2006-2007 لكنه هبط في النهاية من جديد ليستمر من ذلك الوقت في الممتاز ب. طنطا احتل المركز الثالث عشر بعد نهاية الدوري بفارق 5 نقاط فقط عن الاتحاد السكندري أخر الناجيين من الهبوط في ذلك الموسم. طنطا حقق 5 انتصارات في ذلك الموسم وتعادل في 11 وخسر 14 لينهي الموسم برصيد 26 نقطة. طنطا بدأ موسمه بالخسارة من الأهلي بهدفي عماد متعب ووائل جمعة تبعتها سلسلة من الهزائم والتعادلات لم تتوقف إلا بعد 7 مباريات عندما حقق الفوز على الأوليمبي بهدف. ولم يحقق طنطا أي فوز آخر سوى مع نهاية الدور الأول عندما فاز على الاتحاد السكندري في عقر داره بهدفين مقابل هدف. ثم عاد ليخسر من جديد أمام الأهلي لكن بصعوبة هذه المرة بهدف شهير للغاية سجله أحمد حسن استاكوزا بعد أيام قليلة من حصول الأحمر على برونزية مونديال الأندية. موسم طنطا شهد أيضا لقطة مميزة عندما استقبلت شباكه أول أهداف شيكابالا مع الزمالك بعد عودته من رحلته الاحترافية في اليونان. هدف شيكابالا كان ضمن انتصار الزمالك بهدفين دون رد على طنطا وسجل الثاني جمال حمزة. بعد هذه المباراة بدأت انتفاضة من فريق طنطا قبل 7 جولات من نهاية الدوري ونجح في تحقيق الفوز على الإسماعيلي ثم تعادل مع الترسانة وهزم المقاولون وهزم أسمنت السويس. لكن في أخر جولتين خسر أمام حرس الحدود ليفقد الأمل رسميا قبل الجولة الأخيرة التي كان سيستضيف فيها الاتحاد السكندري منافسه المباشر ليتعادلا 2-2 ويهبط فريق طنطا للممتاز ب. الفريق قائمة فريق طنطا في هذا الموسم ضمت العديد من العناصر المميزة والذي انتقل بعضهم إلى الأهلي والزمالك ولعب لمنتخب مصر. أحد مهاجمي الفريق كان السيد حمدي الذي انتقل بعدها لبتروجيت ومنه للأهلي وحقق مع الأخير الكثير من البطولات أبرزها دوري أبطال إفريقيا. أيضا شهدت الظهور الأول لخالد قمر في الدوري الممتاز والذي كان يبلغ من العمر آنذاك 19 عاما وسجل هدفا في المسابقة بشباك المقاولون. مهاب سعيد لاعب الإسماعيلي السابق والمصري حاليا كان أيضا متواجدا مع طنطا في هذا الموسم والذي انتقل بعده مباشرة للدراويش. وكان يدير الفريق فنيا هذا الموسم محمد صلاح مدرب الزمالك السابق.