في لحظة فارقة في تاريخ مصر، جلس كجزء من المشهد، يمثل قطاع شعبه الذي لا يستهان به كفصيل أساسي، ليكون البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، دعمًا للسيسي في الإطاحة بالرئيس المعزول محمد مرسي، جنبًا إلى جنب مع شيخ الأزهر، في ذلك البيان الذي ألقاه السيسي معلنًا عزل الرئيس الأسبق مرسي، بترحيب من الكنائس المصرية أرثوذكسية وإنجيلية وكاثوليكية، ليفتح السيسي والكنيسة معًا صفحة جديدة، بعد تلك التي لم تنل رضا الأقباط في عهد الإخوان، لتعلن تأييدها لاختيار السيسي رئيسًا لمصر. ومنذ حرص السيسي على استحضار الكنيسة وإبراز دورها في المشهد السياسي، أيَّد الأقباط الرئيس الذي أقدم على إثبات حسن نيته لهم، والتأكيد على عدم اكتمال صفي الأمة إلا بهم، وترسيخ قيم المواطنة، وتهيئة كل الظروف لإرجاع شعورهم بالأمان ثانية، بعدما افتقدوه في عهد الرئيس المعزول وجماعة الإخوان، ليجد الأقباط في مواقف كثيرة انحاز فيها السيسي لهم، مدللًا بوعوده لهم ببعض المواقف التي أشعرتهم ثانية بمكانتهم في وطنهم. - حضور السيسي لقداس عيد الميلاد فاجأ السيسي شعب الكنيسة الأرثوذكسية بزيارة الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، ليلة عيد الميلاد المجيد، لتهنئة البابا والأقباط بعيدهم، الأمر الذي رسخ ثقة الأقباط في تأييدهم للسيسي منذ البداية، إلا أن الأمر أثار حفيظة بعض الأقباط، حيث أوقفت الصلاة لاستقبال السيسي، وهتف البعض "بنحبك يا سيسي" داخل الكاتدرائية أثناء القداس. وعلى الرغم من تلك الحفيظة، إلا أن زيارة السيسي كان لها تأثير إيجابي على أغلبية الأقباط، للدرجة التي بالغ فيها البعض، حيث وصف فيها الأب مكاري يونان، راعي الكنيسة المرقسية الكبرى بالأزبكية، السيسي بعد أيام من زيارته بأنه "مرسل من السماء"، كما قال الأنبا بولا، أسقف طنطا وتوابعها: "فجأة رأينا المسيح داخل الكنيسة يوم ميلاد المسيح، كما ظهر الملاك مبشرًا بميلاد المسيح". - ضرب معاقل "داعش" بعد ذبح 21 قبطيًا في ليبيا بعد ذبح "داعش" ل21 قبطيًا في ليبيا، قدم السيسي تعازيه للشعب المصري، موضحًا أن مصر تحتفظ بحقها في الرد المناسب على الاعتداء الإجرامي البشع لأبناء الوطن، مضيفاً أن مصر في موقف عصيب تعيشه الأمة بكاملها، ولا يمكن السماح للإرهاب الغاشم أن يفرِّق وحدتها في هذا الوقت الحاسم، مشددًا على الإجراءات الصارمة التي ستوليها الحكومة، تجاه تنفيذ قرار منع سفر المصريين إلى ليبيا. وبعدها بساعات قليلة، ردت القوات الجوية المصرية بضربات جوية، استهدفت معاقل "داعش"، بتوجيه من الرئيس ردًا على ذبح المصريين هناك، وأسفرت الجولة الأولى للضربات الجوية عن مقتل 64 من مقاتلي "داعش" في المدينة الساحلية بدرنة وسرت. وأعلن بعدها السيسي موافقته على إنشاء كنيسة تحمل اسم الشهداء بقرية العور في المنيا، بالإضافة إلى الموافقة على صرف 100 ألف جنيه لكل أسرة من أسر الشهداء. - تخصيص 30 فدانا للكنيسة موافقة مجلس الوزراء على تخصيص مساحة 30 فدانًا بالتجمع الخامس، لبناء ملحق للكاتدرائية المرقسية بالعباسية، بعد القرار الجمهوري الذي أصدره السيسي، اعتبرها الأقباط بمثابة هدية بمناسبة عيد القيامة المجيد، وقاعدة ينتهجها الرئيس في ترسيخ مبادئ المواطنة والمساواة، كما اعتبر الأقباط ذلك القرار خطوة مبدئية لتسهيل إجراءات بناء دور العبادة، قبيل إقرار قانون تنظيم بناء الكنائس بشكل رسمي. وأشاد حينها البابا تواضروس بتخصيص السيسي أرضًا مملوكة للدولة بمساحة 30 فدانًا، لصالح الكنيسة، موضحًا أن السيسي قدَّم للمسيحيين ما لم يقدمه رئيس غيره، فهو يركز على مفهوم المواطنة ولا يفرق بين مسلم ومسيحي. - التأكيد على أن الأقباط ليسوا أقلية يحرص السيسي دائما على عكس صورة حقيقية لوضع الأقباط في مصر، واستبعاد كونهم أقلية، ففي لقائه برئيس أساقفة كانتربري بالمملكة المتحدة، حيث أكد السيسي أن مصر لا توجد بها أقلية مسيحية، فالمسيحيون مواطنون مصريون لهم كل الحقوق وعليهم كل الواجبات إزاء الوطن، مشيدًا بدور ووطنية الكنيسة المصرية. - إشراك الأقباط في المناسبات العامة حرص السيسي على دعوة الكنيسة وممثليها في العديد من المناسبات العامة المختلفة، وهو الأمر الذي جعل الأقباط يدركون أنهم دائمًا على قائمة أجندة الرئيس المصري، حيث تمت دعوتهم في عدد من المناسبات، منها ماراثون قيادة الدراجات وفي انطلاق مشروع قناة السويس، وكلمة الرئيس بعد أحداث رفح التي ألقاها في ندوة مسرح الجلاء، وغيرها من المناسبات التي حرص فيها السيسي على الوجود القبطي.
