مواقفه تجاه الأحداث في مصر كانت مثيرة للجدل منذ عزل الرئيس الأسبق محمد مرسي، اتهمه الكثيرون بالعمل ضد إرادة الشعب المصري، وكان دائما ما ينفي التحيز لحزب أو مجموعة سياسية بعينها، فيما كان تأرجح مواقفه تجاه مصر هو السمة السائدة لخطاباته.. الرئيس الأمريكي باراك أوباما الذي فاجأ الجميع، أمس، بطلب لقاء عاجل مع الرئيس عبد الفتاح السيسي أثناء تواجده بالولاياتالمتحدةالأمريكية لحضور اجتماعات الأممالمتحدة. في 30 يونيو 2013، أكد الرئيس الأمريكي باراك أوباما أن الولاياتالمتحدةالأمريكية تدعم الديمقراطية في مصر، كما تؤيد الاحتجاجات السلمية لإحداث تغيير في مصر، مطالبا الأحزاب المصرية بالتنديد بالعنف، داعيا الرئيس محمد مرسي -وقتها- والمعارضة للدخول في حوار بناء حول كيفية دفع بلادهم إلى الأمام. في الثاني من يوليو 2013، أعرب الرئيس الأمريكي باراك أوباما عن قلقه إزاء الاحتجاجات الحاشدة ضد نظام الرئيس محمد مرسي، وحثه، خلال اتصال هاتفي جمعهما، على الاستجابة للمطالب التي أثارها المتظاهرون، مؤكدا، في الوقت نفسه، أن الولاياتالمتحدة ملتزمة بالعملية الديمقراطية في مصر، ولا تدعم أي حزب أو جماعة واحدة. في الرابع من يوليو 2013، أعرب الرئيس الأمريكي، باراك أوباما، عن قلقه من خطوة القوات المسلحة المصرية بعزل الرئيس محمد مرسي والاعتقالات التعسفية تجاه هو ومؤيديه، وتعليق العمل بدستور البلاد، مؤكدا على أن بلاده لا تقف بجانب صف أو فئة معينة وتحترم إرادة الشعب المصري. الموقف الأمريكي يتغير في السابع من يوليو 2013، حيث يعلن الرئيس الأمريكي باراك أوباما أن بلاده لا تدعم أي حزب أو مجموعة سياسية في مصر، مدينا، في الوقت نفسه، أعمال العنف التي تحدث في مصر، نافيا، خلال اجتماع تم بينه ومجلس الأمن القومي الأمريكي، قيام بلاده بتوجيه العملية الانتقالية في مصر عبر العمل مع بعض المجموعات أو الأحزاب السياسية. في 15 أغسطس 2013، أصدر الرئيس الأمريكي بيانا مسجلا تطرق فيه إلى الأحداث الأخيرة في مصر، داعيا جميع الأطراف المتنازعة إلى وقف العنف، منددًا بتدخل الجيش المصري لفض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة لأنصار الرئيس المعزول محمد مرسي. 16 أغسطس 2013، أعلن الرئيس الأمريكي في مؤتمر صحفي مخصص للشأن المصري إلغاء مناورات النجم الساطع العسكرية المشتركة مع مصر، والتي كان مقررا بعد شهر، مهددًا بإجراءات أخرى على سبيل إعادة النظر في العلاقات، مؤكدًا ضرورة احترام الحقوق العالمية وحقوق الإنسان. 24 سبتمبر 2013، قال أوباما في خطابه أمام الجمعية العامة للأمم المتحدة، إن محمد مرسي أظهر عدم قدرته على حكم مصر، وأن الحكومة المؤقتة التي حلت محله استجابت لرغبات ملايين المصريين الذين رأوا أن الثورة اتخذت منحنى خاطئا، مشيرًا إلى أن أمريكا هوجمت من قبل كافة الأطراف في ذلك الصراع الداخلي بدعم الإخوان المسلمين، ولكنها تجنبت عمدا الانحياز إلى أي جانب لتشجيع تكوين حكومة تعكس بشكل شرعي إرادة الشعب المصري، والاعتراف بالديمقراطية الحقيقية، والتي تتطلب احترام حقوق الأقليات، وسيادة القانون، وحرية التعبير والتجمعات، ومجتمع مدني قوي. 27 يناير 2014، أكد البيت الأبيض في بيان له، رغبته في أن تحترم السلطات المصرية مستقبلًا "التوازن بين السلطات". 28 مايو 2014، أكد أوباما في خطاب حفل تخرج دفعة جديدة في الأكاديمية العسكرية الأمريكية، أنه سيستمر في الضغط لتحقيق الإصلاحات التي طالب بها الشعب المصري. 4 يونيو 2014، دعا البيت الأبيض في بيان له، عقب إعلان نتيجة الانتخابات المصرية الرئاسية، التي وصفها بأنها سلمية وهادئة، الرئيس المنتخب إلى تبني إصلاحات ديمقراطية، تشمل الحكم بالمساءلة والشفافية وحماية القانون والحقوق، معربًا عن تطلعه العمل مع الرئيس الجديد. 10 يونيو 2014، قال البيت الأبيض إن الرئيس الأميركي باراك أوباما اتصل هاتفيا بالرئيس المصري الجديد عبدالفتاح السيسي، عقب حفل تنصيبه، مؤكدًا التزامه بشراكة إستراتيجية بين البلدين، واستمرار الدعم للطموحات السياسية والاقتصادية والاجتماعية للشعب المصري. 14 يوليو 2014، وجه البيت الأبيض دعوة لمصر إلى حضور قمة للقادة الأفارقة في واشنطن بعد فترة من توتر العلاقات بين البلدين عقب عزل محمد مرسي. 15 يوليو 2014، أشاد الرئيس الأمريكي، بالمبادرة المصرية لوقف إطلاق النار في قطاع غزة، الذي يتعرض منذ أسبوع لهجوم إسرائيلي واسع النطاق، معربًا عن أمله في أن تتيح هذه المبادرة العودة إلى الهدوء. 17 يوليو 2014، أعرب الرئيس الأمريكي، عن تأييده لجهود مصر في التوصل إلى وقف لإطلاق النار بين إسرائيل وحماس في قطاع غزة، مشيرًا لحزنه الشديد لمقتل المدنيين في القطاع، معتبرًا أن من حق إسرائيل أن تدافع عن نفسها في مواجهة الهجمات بالصواريخ. 7 أغسطس 2014، دعا الرئيس الأميركي لإطلاق سراح صحفيي قناة الجزيرة الثلاثة المسجونين في مصر بتهمة دعم جماعة الإخوان المسلمين المحظورة. 20 أغسطس 2014، أبدى الرئيس الأمريكي استياءه الشديد من بيان الخارجية المصرية الذي طالب الولاياتالمتحدة بضبط النفس مع متظاهرة ميزوري وفيرجسون، معتبرًا أن السيسي يحاول الانتقام منه بسبب موقفه مع جماعة الإخوان. 31 أغسطس 2014، أعلن باراك أوباما، عن موافقته على شحن الطائرات الأباتشي العشر التي اتفق على تسليمها لمصر في أبريل الماضي، لتمكين الجيش المصري من التصدي للإرهابيين في سيناء. 22 سبتمبر 2014، طلب الرئيس الأمريكي باراك أوباما عقد لقاء مع الرئيس عبدالفتاح السيسي، أثناء وجوده في نيويورك حاليًا، لإجراء محادثات مهمة بين الجانبين، ويتقرر أن يتم عقد اللقاء بين الرئيسين، الخميس المقبل، على أن تكون لمدة ساعة، يعقبه مؤتمر صحفي بين الرئيسين لمدة 15 دقيقة للإعلان عن تفاصيل اللقاء المرتقب.
