عمل المستشار إبراهيم الهنيدي، قبل تعيينه وزيرًا للعدالة الانتقالية، مساعدًا لوزير العدل، ورئيس جهاز الكسب غير المشروع، وفي بداية عمله بالجهاز أجرى حركة تغييرات شاملة لمحققي الجهاز، وطلب من مجلس القضاء الأعلى إنهاء انتداب رؤساء هيئات الفحص والتحقيق وعددهم 14 قاضيًا، وندب آخرين بدلًا منهم. وأكد عدد من المستشارين أن قرار الهنيدي بإنهاء انتداب المستشارين "قرار غير صائب"، لأنه كان ينبغي على مساعد وزير العدل الإبقاء على 3 من قدامى محققي الجهاز لمعاونة القضاة الجدد في عملهم، موضحين أن هناك حالة من الاستياء تسود بين محققي الجهاز المستبعدين. وعمل الهنيدي بجهاز الكسب غير المشروع في فترة تجميد أموال رموز الرئيس السابق محمد حسني مبارك، والذي أكد مسبقًا أن هناك اتصالات متبادلة مع عدد من الدول الأوروبية التي توجد بها الأموال المجمَّدة لمعرفة حجم هذه الأموال وكيفية الوصول إليها. وكلَّف المستشار إبراهيم الهنيدي الأجهزة الرقابية والمتمثِّلة فى مباحث الأموال العامة وهيئة الرقابة الإدارية بإجراء التحريات اللازمة عن ثروة الرئيس المعزول محمد محمد مرسي وبيان مدى التضخم الذي لحق بثروته خلال العام الذي قضاه في رئاسة الجمهورية مع حصر مصادر تلك الثروة وما إذا كان شابه أي استغلال للنفوذ لجمع الأموال الحرام. كان المهندس إبراهيم محلب، عيَّن المستشار إبراهيم الهنيدي وزيرًا لوزارة العدالة الانتقالية، بعد عمله بجهاز الكسب غير المشروع فترة لا تقل عن عامين.