اعتبر فقهاء قانونيون أن قرار مجلس الوزراء باعتبار جماعة الإخوان «منظمة إرهابية» قرار سياسى يستهدف الخارج، مطالبين الحكومة بسرعة التحرك لدى الأممالمتحدة لإدراج «الإخوان» ضمن المنظمات الإرهابية، مشيرين إلى أن المادة 86 من قانون العقوبات نصت على الأفعال الإرهابية التى يُعاقب عليها القانون، ومن ثم فإن القرار لم يضف جديداً، وهدفه «سياسى بحت». وقال شوقى السيد، الفقيه الدستورى: إن إعلان جماعة الإخوان تنظيماً إرهابياً، يقضى بتطبيق المادة 86 من قانون العقوبات، الخاصة بتعريف الإرهاب على أعضاء الجماعة، وبمقتضاها سيتم مصادرة أموالهم، وحصر أسمائهم فى قوائم، ومساءلتهم قانونياً. وانتقد تأخر الحكومة فى اتخاذ القرار، مؤكداً أنه كان لا بد أن يصدر بعد 30 يونيو. وقال المستشار بهاء أبوشقة، نائب رئيس حزب الوفد، إن قرار مجلس الوزراء له آثار سياسية، لأن الأثر القانونى موجود فى قانون العقوبات بالمادة 86 وما بعدها، وهى المادة التى تستطيع أن تصنف هل يكون العمل إرهابياً أم لا، فالنيابة هى التى تستطيع أن تصنف، والمحكمة وما تصبغه من وصف يخضع لرقابة محكمة النقض. من جانبه، قال الدكتور محمود كبيش، أستاذ القانون الجنائى، إن القرار كشف حقيقة قانونية مقررة بمقتضى نصوص قانون العقوبات، وهى أقوى من القرار الإدارى، والتى تعرّف الأعمال الإرهابية وترتب آثاراً جنائية على الجماعات الإرهابية، مشيراً إلى أنها تنطبق تماماً على ما يمارسه تنظيم الإخوان. وأضاف أن القرار يجرّم الانضمام إلى هذه الجماعات أو ممارسة الأعمال الإرهابية.