في أول تعقيب من الإخوان، على قرار مجلس الوزراء بتصنيف جماعة الإخوان المسلمين "منظمة إرهابية"، قالت الصفحة الرسمية لحزب الحرية والعدالة على موق التواصل الاجتماعي "فيس بوك"، إن نظام الانقلاب يعلن جماعة الإخوان "إرهابية"، على غرار حركات المقاومة الفلسطينية ضد إسرائيل. وأضافت الحرية والعدالة، إلى أن القرار سيحول الجامعات لثكنات عسكرية لقمع حريات الطلاب، ومصادرة أموال شركات أعضاء الإخوان من شرفاء مصر. ورفع الحرية والعدالة على صفحته الرسمية لافتة ترفض القرار، في أول رد فعل منها على تصنيف الجماعة "منظمة إرهابية"، وكتب فيه "الانقلاب هو الإرهاب". وكان الدكتور حسام عيسى، نائب رئيس الوزراء، أعلن في مؤتمر صحفي اليوم، إعلان جماعة الإخوان منظمة إرهابية بشكل رسمي، وإخطار جميع الدول الموقعة على اتفاقيات الإرهاب بالقرار.