نشأت أول جماعة جهادية فى مصر عام 1964فى القاهرة، على يد مؤسسيها علوى مصطفى، من حى مصر الجديدة، وإسماعيل طنطاوى، من المنيل، ونبيل البرعى، من المعادى، وكانوا طلاباً بالمرحلة الثانوية وقتها. تخرج إسماعيل وعلوى فيما بعد من كلية الهندسة بجامعة الأزهر، وتأخر البرعى دراسياً قبل أن يلتحق بكلية الآداب جامعة بيروت. تحولت هذه المجموعة إلى تنظيم يضم عدداً من المجموعات فى محافظات القاهرةوالجيزةوالإسكندرية، وكان جميع أعضائها من طلاب الثانوية والجامعة، والتحق بهم فيما بعد أيمن الظواهرى ويحيى هاشم ورفاعى سرور، ومن الإسكندرية محمد إسماعيل المقدم، إلى جانب انضمام مجموعه أخرى من الجيزة، كان أبرز عناصرها مصطفى يسرى وحسن الهلاوى، لكن هذه المجموعة سرعان ما انفصلت فى أوائل السبعينات عند أول بادرة خلاف مع التنظيم. ساهمت عوامل كثيرة فى تشكيل أفكار واستراتيجية التنظيم الجهادى فى مصر، وكان أهمها: تربية قادة وأعضاء التنظيم فى مساجد الجمعية الشرعية وجماعة أنصار السنة المحمدية، بتوجههما السلفى الواضح، حيث تأثروا جميعاً بفكر الشيخ محمد خليل هراس، ورواج فكرة الانقلابات العسكرية فى ذلك الوقت بالمنطقة العربية والعالم، واعتقاد قادة التنظيم أن «الضباط الأحرار» كان تنظيماً تابعاً لجماعة الإخوان المسلمين ثم خانها وانقلب عليها. بخروج المظاهرات الحاشدة ضد الرئيس جمال عبدالناصر، عقب هزيمة يونيو 1967، حاول يحيى هاشم وكيل النيابة، أحد أعضاء التنظيم البارزين، الالتحام بالجماهير الغاضبة وقادتها للإطاحة بعبدالناصر لشعوره بأن طريق الانقلاب العسكرى تتشابه كثيراً مع الفكر الذى يتبناه تنظيم الجهاد بقيادة إسماعيل طنطاوى، فراح يخطب محرضاً على ناصر فى الجماهير المحتشدة التى حملته على الأعناق وطافت به الشوارع قبل أن يلقى القبض عليه، وسرعان ما أطلق سراحه عندما تبين لأفراد الأمن أنه وكيل نيابة. بعدها بدأت الخلافات بين هاشم ومعه مجموعة أبرزها رفاعى سرور من جهة وباقى التنظيم بزعامة علوى مصطفى، وإسماعيل طنطاوى، الذى اتهم يحيى بتهديد التنظيم بعد كشفه، ولم تفلح كل محاولات الوفاق التى قام بها بعض أعضاء الجماعة فى منع انشقاق يحيى وفريقه وتأسيس جماعة أخرى. بسبب كثرة الخلافات والانشقاقات داخل الجماعة اقترح حسن الهلاوى على قيادته، مصطفى يسرى، أن تستقل المجموعة عن إسماعيل طنطاوى إلى أن تنتهى الخلافات، وبالفعل استقلت المجموعة، التى تشكلت كمجموعة مستقلة فى البداية قبل أن تنتضم لتنظيم طنطاوى. وظلت فكرة الاستيلاء على الحكم فى مصر، لتكون منطلق التغيير الإسلامى فى جميع أنحاء العالم، الحلم الذى يراود جميع أعضاء الجماعة، لذلك اعتمد التنظيم الجهادى فى مصر على استراتيجية التغيير بالقوة المسلحة، واتخذ من الانقلاب العسكرى وسيلة وحيدة لتنفيذ هذه الاستراتيجية حتى عام 1980، عندما أدخل عبود الزمر فكرة أن الانقلاب عسكرى لا بد أن تصحبه تحركات شعبية مؤيدة له، لتظل وسيلة الجهاد المعتمدة للتغيير، إلى أن تفتت التنظيم وضعف بعد انضمام كثير من قادته الكبار لتنظيم القاعدة عام 1999، ومقتل القادة الكبار الذين رفضوا الانضمام للقاعدة، وأصروا على بقاء «الجهاد» على استراتيجيته القديمة بعيداً عن استراتيجية القاعدة، أمثال نصر فهمى وطارق أنور وغيرهما، وكان مقتل هؤلاء فى القصف الأمريكى لأفغانستان، خاصة قصف قندهار وكابول ضربة، نهاية موجعة للتنظيم الذى كتب فصلاً طويلاً من العنف فى مصر.
