مخاوف عديدة أبداها سياسيون من أن تؤدى علاقة الدكتور محمد مرسى، الرئيس المنتخب، بجماعة الإخوان المسلمين، إلى حصول الجماعة على مميزات، إضافة إلى مخاوف من حدوث صدام بين الرئيس المنتخب، الذى يحاول استرداد صلاحياته، والمجلس العسكرى، يدفع ثمنه الشعب. قال محمد أبوحامد، عضو مجلس الشعب المنحل: «الدكتور محمد مرسى ينتمى لجماعة الإخوان المسلمين منذ عام 1977 تقريباً، وتجمعه بالجماعة علاقة عقائدية مبنية على معتقدات وأفكار يعتقد أبناء الجماعة أنها وسيلتهم لإقامة الدولة الإسلامية، وأتوقع أن تكون العلاقة بين الرئيس والجماعة التى ينتمى لها هى علاقة متميزة، عن غيرها من العلاقات التى ستجمعه بباقى القوى السياسية». وأضاف: «عليه أن يتعامل مع المجلس العسكرى بشكل لا يسبب صداماً بين مؤسسة الرئاسة من ناحية، والمؤسسة العسكرية من ناحية أخرى، لأن هذا النوع من الصدام سيكون له ضريبة لن يدفع ثمنها إلا الشعب، ولن يكون ذلك فى مصلحة الوطن». من جانبه قال الدكتور رفعت السعيد، رئيس حزب التجمع، إن العلاقة بين الرئيس المنتخب، وجماعة الإخوان المسلمين، علاقة عقائدية، وإن احتمالات أن يكون لجماعة الإخوان موقع متميز من رئاسة الجمهورية كبيرة، وينصح السعيد، الرئيس المنتخب أن يكون هناك ثمة تمييز بين الرئيس وجماعته التى ينتمى إليها منذ سنين، وإلا فسيكون لذلك آثاره السلبية التى ستنعكس على أدائه. ويتفق المفكر القبطى جمال أسعد حول طبيعة العلاقة بين الرئيس محمد مرسى، وجماعة الإخوان المسلمين، قائلاً، لابد أن يبتعد الرئيس المنتخب عن أى شبهة علاقة تمنح تميزاً لجماعة الإخوان التى ينتمى إليها مرسى عقائدياً، ويرى أسعد، أن طبيعة العلاقة بين الرئيس المنتخب وحزب الحرية والعدالة، منطقية أكثر، نظراً لأن مرسى، يسعى لتنفيذ برنامج الحزب الذى قدمه كبرنامجه الانتخابى، وأصاف أسعد: «لا ينبغى على الرئيس الذى أكد خلال لقاءاته الحوارية على احترامه للقانون، وأنه لن يكون هناك أحد فوق القانون، أن يتجاهل وضع جماعة الإخوان المسلمين القانونى غير الواضح، وأنه من الأفضل أن يحدد الوضع القانونى لها، واعتمادها كجمعية دعوية موثقة، وهو ما سيؤكد ما تعهد به الرئيس المنتخب قبل وصوله إلى سدة الحكم». قال مختار نوح، القيادى السابق بجماعة الإخوان المسلمين، إن الصدام مع المجلس العسكرى أصبح حتمياً، ولابد أن يمارس مرسى قوته الناعمة فى استرداد ما سُلب منه من صلاحيات، وهو الصدام الذى كان متوقعاً منذ بداية الثورة؛ نظراً لمحاولة المجلس العسكرى عدم تسليم السلطة. مشيراً إلى أن الصدام مع المجلس العسكرى لن يؤتى ثماره إلا فى وجود الاصطفاف الوطنى لإزاحة الإعلان الدستورى المكمل، وأن يكون هناك محاولات حثيثة من قبل الرئيس الجديد فى تشكيل حكومة ائتلافية تقوم على مبدأ المشاركة، لتسهم بشكل كبير فى حسم الصدام لمصلحة القوى الوطنية فى مواجهة المجلس العسكرى. ودعا الدكتور محمد حبيب، القيادى السابق فى جماعة الإخوان المسلمين، الرئيس المنتخب إلى التفاهم مع المجلس العسكرى العسكرى؛ كى يستعيد صلاحياته التى سلبها الإعلان الدستورى المكمل، وألا يلجأ إلى الصدام مع المؤسسة العسكرية؛ حتى لا تنشأ أزمة يتحمل الوطن آثارها السلبية، وإنما عليه أن يطعن فى دستورية الإعلان الدستورى المكمل، ويطالب قانونياً برد صلاحياته إليه. وينصح حبيب، الرئيس المنتخب، بألا يميز جماعة الإخوان المسلمين عن بقية القوى، لأن الشعب المصرى الذى اختاره رئيساً للبلاد، لم يختره لكى يصير مرءوساً لأحد، حتى وإن كان لجماعة الإخوان المسلمين، قائلاً: «انتخابات الرئاسة التى انتهت بفوزه، تعنى أنه صار رئيسا لكل المصريين، والإخوان ليسوا إلا مجرد جزء من كل، فيجب ألا يكون لهم موقع متميز فى الدولة لمجرد انتماء الرئيس لهم فكرياً وتنظيمياً، وإلا كررنا سيناريو الحزب الوطنى المنحل»