طالب المجلس القومي لحقوق الإنسان، بضرورة إلغاء إشراف وزارة الداخلية على السجون، على أن تلحق بوزارة العدل مع الأخذ في الاعتبار العمل بنظام قاضي التنفيذ الجنائي وتكون مهمته الإشراف على تنفيذ الأحكام الجنائية، على أن يختص أيضا بالنظر في الشكاوى والطعون والتظلمات المقدمة من السجناء الخاصة بالإجراءات التي تنفذ في مواجهتهم داخل السجون. واضاف المجلس، فى تقرير لجنة تقصى الحقائق لسجن دمنهور، أن تعديل القانون رقم 396 لسنة 1956 بشأن تنظيم السجون واللوائح الداخلية المتصلة بذات الشأن بما يتوافق مع الدستور المصري والمواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان ومبادئ القواعد الدنيا لمعاملة السجناء؛ وحقوق السجناء في التعليم والرعاية الصحية والغذاء الكافي والتريض والزيارة والاتصال بالعالم الخارجي، وبما يتماشى مع السياسة العقابية الحديثة التي تهدف إلى إعادة تأهيل السجين ودمجه مرة أخرى في المجتمع. وشدد على ضرورة تعديل الإجراءات الخاصة بنقل السجناء المرضى إلى مستشفى السجن بعيدا عن الشكل الروتيني المتبع حاليا م (34، 35، 36، 37) من القانون رقم 396 ل 1956، بحيث ينصب الاهتمام الأول على حياة السجين. وطرح المجلس القومي لحقوق الإنسان مبادرة "مؤسسات عقابية رحيمة وإنسانية" المتعلقة بإصلاح السجون والمؤسسات العقابية آملين أن يتعاون الجميع لإنجاحها بإدخال إصلاحات جذرية على منظومة السجون نحددها في عدد من المحاور"التوسع في تطبيق العفو الشرطي، وإصلاح البنية التحتية للسجون، والإصلاح والتأهيل، والإصلاح التشريعي".