طالبت مجموعة (لا للمحاكمات العسكرية) الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية المنتخب، بضرورة إلغاء المحاكمات العسكرية للمدنيين واتخاذ قراره بالعفو عن من تمت محاكمتهم عسكريا منذ يناير 2011 وحتى الآن أو إلغاء الأحكام الصادرة بحقهم. وقالت المجموعة، فى بيان لها، "إننا ننتظر أن يفي الرئيس الجديد ويستمع لأصوات ضحايا المحاكمات العسكرية، من المدنيين ولا يفعل كما فعل أعضاء مجلس الشعب، ومنهم نواب جماعة الإخوان المسلمين، عندما مرروا مشروع المجلس الأعلى للقوات المسلحة بتعديل قانون القضاء العسكري ورفضوا الانتصاف لضحايا المحاكمات العسكرية". وحثت المجموعة المواطنين على إرسال برقية إلى مقر الرئيس المنتخب الدكتور محمد مرسى بقصر عابدين بحي عابدين أو بقصر الاتحادية بالقاهرة. وجاء نص البرقية كالتالي: "أطالبكم أنا المواطن(ة)/........ بأن يكون أول قراراتكم هي استخدام صلاحياتكم وفقا للقانون بالعفو عن من صدرت ضدهم أحكام فى المحاكم العسكرية أو إلغاء الأحكام الصادرة ضدهم، منذ يناير2011 وحتى الآن". وقدم مركز هشام مبارك للقانون عدة مقترحات لإنهاء محاكمة المدنين عسكريا وذلك، من خلال توقف المجلس العسكري وفوراً عن إحالة المدنيين للمحاكم العسكرية، وإحالتهم لقاضيهم الطبيعي أمام القضاء العادي، وتشكيل هيئة مستقلة لتعويض ضحايا المحاكمات العسكرية، واعتبارهم من ضحايا النظام البائد على أن يتم تمثيلهم فى اتخاذ قرارات التعويض سواء المادي أو المعنوي.